Detekce mobilních genetických elementů pomocí číslicového zpracování genomických signálů
Loading...
Date
Authors
Nováková, Jarmila
Advisor
Referee
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
ORCID
Abstract
Práce se zabývá mobilními genetickými elementy. Je zaměřena na jejich vlastnosti využitelné pro jejich detekci. Zároveň se věnuje problematice transformace symbolické sekvence do numerické formy. Jsou vysvětleny klasifikace mobilních genetických sekvencí, popsány základní typy mobilních genetických sekvencí, principy numerických map a detekce v symbolické reprezentaci Je zpracována konverze symbolických genetických sekvencí dle zvolené numerické mapy a provedena analýza vlastností mobilních genetických elementů v numerické reprezentaci pro návrh detektoru. Na závěr je vytvořena knihovna motivů používaná navrženým detektorem.
Mobile genetic elements are occupied by this project. It is aimed at their features, which can be used for their detection. It also deals with issue of conversion of symbolic sequence into numerical form. Classifications of mobile genetic elements are explained, basic types of mobile genetic sequences are described, and principles of numerical maps and detection in symbolic represetation are also clarified. Conversion of symbolic genetical sequences by chosen numerical map and calculation of normalized correlation values for set of mobile genetic elements are compiled. Analysis of the mobile genetic elements properties is performed for design of detector. The library of themes is created at the end for usage by designed detector.
Mobile genetic elements are occupied by this project. It is aimed at their features, which can be used for their detection. It also deals with issue of conversion of symbolic sequence into numerical form. Classifications of mobile genetic elements are explained, basic types of mobile genetic sequences are described, and principles of numerical maps and detection in symbolic represetation are also clarified. Conversion of symbolic genetical sequences by chosen numerical map and calculation of normalized correlation values for set of mobile genetic elements are compiled. Analysis of the mobile genetic elements properties is performed for design of detector. The library of themes is created at the end for usage by designed detector.
Description
Citation
NOVÁKOVÁ, J. Detekce mobilních genetických elementů pomocí číslicového zpracování genomických signálů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Jiří Kozumplík, CSc. (předseda)
doc. RNDr. Jaromír Baštinec, CSc. (místopředseda)
doc. RNDr. Michal Masařík, Ph.D. (člen)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2017-06-06
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Odstrčilík: Co jsou to báze? Jak jsou reprezentovány? Vy jste vytvořila detektor, který dokáže detekovat mobilní elementy. Co se myslí větou "nebyl nalezen společný příznak"?
RNDr. Masařík: Jaké jiné typy analýz se používají pro hledání MGE?
Doc. Kozumplík: IS1541A je konkrétní sekvence čísel kterou hledáte? Používáte korelaci?
Studentka obhájila magisterskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena