NOVÁKOVÁ, J. Detekce mobilních genetických elementů pomocí číslicového zpracování genomických signálů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Studentka Jarmila Nováková se ve své práci zaměřila na poměrně náročný experimentální úkol vyhledávání mobilních genetických elementů (MGE) v bakteriálních genomech pomocí číslicového zpracování genomických signálů. O náročnosti tématu byla předem vyrozuměna, její aktivita v průběhu řešení práce tomu však neodpovídala, konzultovala minimálně, s mírně vyšší intenzitou v posledním měsíci před odevzdáním práce. Přesto se jí podařilo zadání, i když na minimální úrovni, splnit. Navrhla a realizovala vlastní algoritmus detekce MGE založený na knihovně známých MGE v signálové podobě. Vyhodnocení kvality detektoru je však realizováno na malém počtu ne příliš vhodně zvolených dat, proto pak algoritmus působí robustněji, než ve skutečnosti je. Kvalitu práce dále velmi snižuje teoretická část práce. Přestože studentka nastudovala velké množství literárních zdrojů (52 referencí), nevhodné členění kapitol, velké množství překlepů, nevhodných formulací, nepodložených tvrzení a v neposlední řadě i odborných nepřesností, tuto část práce znehodnocuje. Po formální stránce bych vytkla zejména nižší kvalitu některých obrázků, nejednotné formátování grafů a tabulek, tiskové chyby v přílohách práce, neukončení vět obsahujících vzorce, nejednotné odsazení textu a nedodržení okrajů stránky. I přes uvedené nedostatky, vzhledem k velké náročnosti zadání považuji práci za dostatečnou.
Studentka Jarmila Nováková se ve své práci zabývá detekcí transponzibilních elementů v genomech bakterií, což je velmi aktuální téma, neboť tyto elementy mohou být například zdrojem antibiotické rezistence. Z práce je ovšem na první pohled vidět, že poměrně náročnému tématu studentka nevěnovala dostatečný čas. Po odborné stránce je práce na velmi nízké úrovni. Obsahuje množství zavádějících pojmů, které nejsou vysvětleny nebo podloženy literárními prameny. Například již v úvodu hovoří o nějakém základním dogmatu genetiky, pravděpodobně tím myslí centrální dogma molekulární biologie, z textu je to ovšem velmi těžko pochopitelné. Na další straně uvádí, že velikost bakteriálního genomu nabývá až 1 Mb, běžné jsou ovšem i bakterie s genomy kolem 5 Mb a uvedený Ktedonobacter racemifer, jehož název mimo jiné není uveden kurzívou, má genom velikosti téměř 14 Mb, ne 1,4 Mb. Podobné prohřešky lze najít v celé práci, např. nejsem si vědom toho, že by existovali nějaké kombinatoriální algoritmy či bakterofág, NCBI je instituce, ne databáze, nestandardní pojem jsou určitě také párové čtecí sekvence atd. Úplný výčet nedostatků zde nelze pro jeho obsáhlost uvést. Dále je spousta pojmů nevysvětlena, např. spontánní pleiotropní mutace, extrémní polarita v expresi cistronů aj. Může za to často fakt, že studentka neumí pracovat s literaturou a spousta uvedených faktů není podložena žádnou referencí, například celý výčet různých numerických map. Celkově studentka v textu uvádí reference nestandardně. Výčet referencí pak nemá jednotný styl a obsahuje chyby, autor se jménem „Principles and Methods of Sequence Analysis“ zřejmě neexistuje. Kvalita některých zdrojů je pak také diskutabilní. Požadavky zadání na literární rešerši tak nepovažuji za splněné v dostatečné míře. Praktická část práce byla částečně splněna, když studentka realizovala vlastní, byť velmi triviální nástroj na detekci mobilních elementů. Statistické srovnání jeho funkčnosti s jinými algoritmy je ovšem účelové a interpretace výsledků je na magisterský stupeň studia nedostatečná. Formální zpracování práce je pak také podprůměrné, například již v úvodu práce studentka děkuje své vedoucí za vedení bakalářské práce, byť se jedná o práci diplomovou. Dále je uvedeno, že práce má 81 stran, ovšem končí seznamem obrázků na straně 62. Práce také obsahuje tabulky, které nejsou vhodně formátovány a zpravidla přesahují přes nastavené okraje stran. Tabulka 1 pak uvádí, že RepeatMasker je „heuristický“ vyhledávácí algoritmus a ISMapper „Heuristic“ algoritmus. Zadání práce považuji za nesplněné a práci celkově hodnotím jako nedostatečnou, neboť neplní ani minimální požadavky k získání magisterského titulu.
eVSKP id 102371