Segmentace měkkých tkání v obličejové části myších embryí v mikrotomografických datech

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (předseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jiří Chmelík, Ph.D. (člen) Mgr. Helena Durnová, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Potočňák (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Potočňák položil otázky - Zkoumala jste časovou náročnost použitých algoritmů? Která metoda měla nejhorší false positive rate? Ing. Vítek položil otázku - Kolik času dokáže uspořit použití automatické segmentace oproti ruční segmentaci? Studentka obhájila diplomovou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorChmelík, Jiřícs
dc.contributor.authorJanštová, Michaelacs
dc.contributor.refereeHarabiš, Vratislavcs
dc.date.created2019cs
dc.description.abstractTato diplomová práce se zabývá segmentací měkkých tkání v obličejové části myších embryí v programovém prostředí Matlab. Segmentace měkkých tkání u myších embryí nebyla doteď plně automatizovaná a každý konkrétní úkol vyžaduje specifické řešení. Vyřešení dílčích problémů zefektivní a zrychlí tvorbu 3D modelu a takto poskytnou cenná data vývojovým biologům. Je zde popsána problematika barvení vzorků a segmentačních technik. Na základě dostupné literatury byly otestovány metody otsu prahování, narůstání oblastí, k-means shlukování a segmentace pomocí atlasů. V závěru práce je provedeno jejich testování a statistické vyhodnocení na 3D mikrotomografických obrazových datech.cs
dc.description.abstractThis diploma thesis deals with a segmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos in Matlab. Segmentation of soft tissues of mouse embryos was not fully automated and every case needs a specific solution. Solving parts of this issues can provide valuable data for evolutionary biologists. Issues about staining and segmentation techniques are described. On the basis of accessible literature otsu thresholding, region growing, k-means clustering and segmentation with atlas were tested. In the end of this paper are those methods tested and evaluated on 3D microtomography data.en
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationJANŠTOVÁ, M. Segmentace měkkých tkání v obličejové části myších embryí v mikrotomografických datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.cs
dc.identifier.other118352cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/177644
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectMěkká tkáňcs
dc.subjectmyší embryocs
dc.subjectsegmentacecs
dc.subjectnarůstání oblastícs
dc.subjectprahovánícs
dc.subjectk-meanscs
dc.subjectatlascs
dc.subjectstatistikacs
dc.subjectbarvenícs
dc.subjectpočítačová tomografiecs
dc.subjectSoft tissueen
dc.subjectmouse embryoen
dc.subjectsegmentationen
dc.subjectregion growingen
dc.subjectthresholdingen
dc.subjectk-meansen
dc.subjectatlasen
dc.subjectstatisticsen
dc.subjectstainingen
dc.subjectcomputed tomographyen
dc.titleSegmentace měkkých tkání v obličejové části myších embryí v mikrotomografických datechcs
dc.title.alternativeSegmentation of soft tissues in facial part of mouse embryos from X-ray computed microtomography dataen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2019-06-05cs
dcterms.modified2019-06-06-11:40:40cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid118352en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 13:36:25en
sync.item.modts2025.01.15 23:48:12en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
12.72 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
5.31 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_118352.html
Size:
7.12 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_118352.html
Download
Collections
2019