JANŠTOVÁ, M. Segmentace měkkých tkání v obličejové části myších embryí v mikrotomografických datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.
Studentka Bc. Michaela Janštová se ve své práci zabýval problematikou segmentace chrupavčité tkáně v mikroCT datech myších embryí s využitím základních segmentačních metod. Formální úroveň práce je snížena řadou překlepů, popisky tabulek jsou umístěny nevhodně pod tabulkami, odkazy na obrázky a tabulky v textu mají jiný formát než jejich popisky. Kapitola 8 Výsledky byla pravděpodobně tvořena v časové tísni a působí zmateným dojmem, kdy je těžké sledovat, který obrázek nebo tabulka patří ke které metodě. Výsledky rozdělené do mnoha obrázků a tabulek a současná absence shrnující tabulky s objektivním hodnocením porovnávajícím všechny testované přístupy, případně shrnující obrázek subjektivního hodnocení s jasně ukázanými rozdíly mezi přístupy způsobuje nepřehlednost dosažených výsledků. Popisy tabulek nebo obrázků často nejsou samovysvětlující, což nepřehlednost práce ještě zvyšuje. Studentka vhodně citovala a využívala relevantních zdrojů. Studentka během řešení diplomové práce prokázala schopnost samostatně pracovat a přicházela s vlastními nápady na zlepšení. Na konzultace přicházela připravena a s konkrétními dotazy. Konzultace však zejména v prvním semestru řešení studentka nevyužívala, čímž byl způsoben nedostatek potřebného času k finalizování formální podoby diplomové práce. Dále přikládám posudek konzultanta Ing. Jakuba Šalplachty z laboratoří CEITEC: „Studentka Michaela Janštová se ve své diplomové práci zabývá segmentací měkkých tkání, a to zejména segmentací chrupavky v hlavě myších embryí. Studentka aktivně navštěvuje Laboratoř rentgenové počítačové tomografie ve výzkumném centru CEITEC VUT již od léta 2018. V laboratoři začínala manuální segmentací dat, a tak hned zezačátku získala přehled nejen o anatomii myších embryí, ale i problémech, které segmentaci můžou provázet (nedostatečný kontrast, zmražené vzorky a s tím související nevyhovující barvení apod.) V diplomové práci se tedy zaměřila i na tato problematická témata, což hodnotím přínosně pro další pokračování projektu. Studentka po celou dobu pracovala pečlivě a samostatně. Za svého působení v laboratoři se zapojila i do mezinárodního projektu, kde se zabývala právě segmentací dat myších embryí. Dále se zapojila i do projektu týkajícího se archeologických dat, které sice nejsou součástí diplomové práce, ale svědčí o aktivním a svědomitém přístupu studentky k práci v laboratoři.“ Všechny body zadání práce považuji za splněné a celkově práci hodnotím stupněm C (75 bodů).
Studentka se ve své práci měla věnovat segmentaci obrazových dat z mikrotomografického přístroje. V teoretické části práce studentka představuje různé segmentační metody. Jsou to jak metody založené na prahování (Otsu metody), ale také metody založené na narůstání oblastí, metody strojového učení a další. Zde by možná bylo vhodné klást větší důraz na 3D data a u jednotlivých metod uvést i to do jaké míry tyto metody lze použít i s 3D data, jaké tam jsou omezení, problémy atd. Teoretickou část práce tvoří i popis základních metod pro práci s obrazy, jakou je například obrazová filtrace, úprava kontrastu, morfologické operace a další. Tento obecný popis metod mi přijde zbytečný a dle mého názoru by bylo daleko vhodnější tohle přímo propit s tématem a jednotlivé postupy popisovat v návaznosti na samostatnou práci. Tedy například popsat proč je v daném případě potřebná obrazová filtrace, jaký filtr a proč byl pro konkrétní obrazy použit, jakým způsobem byly nalezené použité parametry filtru a jak se to projeví na konkrétním obrazu. Vlastní popis navržených metod pro zpracování dat je obsažen v kapitole 8, která to ve shrnuje pod název Výsledky. Vzhledem k velkému počtu různých obrázků a tabulek je velice obtížné pochopit princip navržených metod a co které dosažené výsledky znamenají. Po podrobném studiu mohu říct, že navržené metody jsou funkční a jsou použitelné pro segmentaci dat, ale špatně strukturovaný popis dost výrazným způsobem sráží výsledné hodnocení práce. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni, tabulky mají nevhodně umístěné popisky, text obsahuje řadu gramatických chyb a překlepů. Přes uvedené nedostatky hodnotím zadání práce za splněné.
eVSKP id 118352