Web Server for Protein Interaction Searching

Abstract

Tato práce se zabývá zbůsoby, jimiž je možné získávat data z bioinformatických databází obsahujících data týkajících se interakcí mezi proteiny. Od souvislostí okolo vzniku bioinformatiky sloučením informatiky a biologie tato práce uvede čtenáře do problematiky přístupu k datům týkajících se interakcí mezi proteiny. Tato práce vysvětlí důvody vzniku IMEx konsorcia, jeho cíle a prostředky, kterými svých cílů dosahuje. IMEx konsorcium dalo vzniknout mnoha standardům, které usnadňují přístup k datům členů konsorcia a výměnu těchto dat mezi nimi. Jedním z výtvorů IMEx konsorcia je i webová služba PSICQUIC, která byla navržena s využitím architektonického stylu REST, a která je přístupná i pomocí protokolu SOAP. Obě tyto kategorie přístupů k webových službám jsou v rámci této práce studovány a na základě výsledků výzkumu je implementována aplikace pro získávání interakcí mezi proteiny z databází, jenž jsou členy IMEx konsorcia.

This thesis deals with different possibilities, how to collect data from bioinforatics databases containing protein interaction data. Reader is put into context by introducing him problematics of emergence of bioinformatics by connecting two fields of human knowledge: biology and informatics. Then the reader will get acquainted with the importance of protein interactions and possible ways of retrieving protein interaction data from protein interaction databases. This thesis also elucidates the motivation for IMEx consortium existence. IMEx faciliattes access to data and data exchange between its members by issuing new standards and data formats. I a list of IMEx consortium sucecsses is also PSICQUIC web service. PSICQUIC is REST-compliant web service, which can be also accessed via SOAP protocol. Both REST and SOAP approaches are studied and compared in this thesis and on the basis of this research is implemented application for retreiving protein interaction data from PSICQUIC members' databases.