Web Server for Protein Interaction Searching
Loading...
Date
Authors
Halfar, Martin
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá zbůsoby, jimiž je možné získávat data z bioinformatických databází obsahujících data týkajících se interakcí mezi proteiny. Od souvislostí okolo vzniku bioinformatiky sloučením informatiky a biologie tato práce uvede čtenáře do problematiky přístupu k datům týkajících se interakcí mezi proteiny. Tato práce vysvětlí důvody vzniku IMEx konsorcia, jeho cíle a prostředky, kterými svých cílů dosahuje. IMEx konsorcium dalo vzniknout mnoha standardům, které usnadňují přístup k datům členů konsorcia a výměnu těchto dat mezi nimi. Jedním z výtvorů IMEx konsorcia je i webová služba PSICQUIC, která byla navržena s využitím architektonického stylu REST, a která je přístupná i pomocí protokolu SOAP. Obě tyto kategorie přístupů k webových službám jsou v rámci této práce studovány a na základě výsledků výzkumu je implementována aplikace pro získávání interakcí mezi proteiny z databází, jenž jsou členy IMEx konsorcia.
This thesis deals with different possibilities, how to collect data from bioinforatics databases containing protein interaction data. Reader is put into context by introducing him problematics of emergence of bioinformatics by connecting two fields of human knowledge: biology and informatics. Then the reader will get acquainted with the importance of protein interactions and possible ways of retrieving protein interaction data from protein interaction databases. This thesis also elucidates the motivation for IMEx consortium existence. IMEx faciliattes access to data and data exchange between its members by issuing new standards and data formats. I a list of IMEx consortium sucecsses is also PSICQUIC web service. PSICQUIC is REST-compliant web service, which can be also accessed via SOAP protocol. Both REST and SOAP approaches are studied and compared in this thesis and on the basis of this research is implemented application for retreiving protein interaction data from PSICQUIC members' databases.
This thesis deals with different possibilities, how to collect data from bioinforatics databases containing protein interaction data. Reader is put into context by introducing him problematics of emergence of bioinformatics by connecting two fields of human knowledge: biology and informatics. Then the reader will get acquainted with the importance of protein interactions and possible ways of retrieving protein interaction data from protein interaction databases. This thesis also elucidates the motivation for IMEx consortium existence. IMEx faciliattes access to data and data exchange between its members by issuing new standards and data formats. I a list of IMEx consortium sucecsses is also PSICQUIC web service. PSICQUIC is REST-compliant web service, which can be also accessed via SOAP protocol. Both REST and SOAP approaches are studied and compared in this thesis and on the basis of this research is implemented application for retreiving protein interaction data from PSICQUIC members' databases.
Description
Citation
HALFAR, M. Web Server for Protein Interaction Searching [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Informační systémy
Comittee
doc. Dr. Ing. Dušan Kolář (předseda)
prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda)
doc. Dr. Ing. Otto Fučík (člen)
doc. RNDr. Jitka Kreslíková, CSc. (člen)
RNDr. Marek Rychlý, Ph.D. (člen)
Doc. RNDr. Petr Sojka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2012-06-15
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " C ". Otázky u obhajoby: Jaké jsou obvyklé licence pro přístup k databázím? Jaký je nejčastější formát dat pro ukládání informací ve Vámi studovaných databázích?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení