Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. PhDr. Karel Pala (člen) Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na doplňující dotazy přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: 1. U experimentu (kapitola 5) píšete, že zobrazuje údaje z programu QFinder, který vytvořil Váš předchůdce. Jak se v těchto výsledcích projevili Vaše modifikace či nadstavba AllQFinder? 2. Jak lze pomoci Vašeho programu zjistit často se vyskytující parametry nalezených guaninových zhluků/kvadruplexů? Např. zda existuje nějaká preferovaná délka smyčky, vzájemná vzdálenost v genomu a podobně? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Martínek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.author | Sečka, Martin | cs |
| dc.contributor.referee | Lexa, Matej | cs |
| dc.date.created | 2012 | cs |
| dc.description.abstract | Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním, vizualizací a filtrací sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy v sekvencích DNA. Ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR byla za tímto účelem vytvořena webová aplikace, která využívá nový algoritmus pro hledání všech možných umístění kvadruplexů v rámci zadané sekvence. Návrh a implementace tohoto algoritmu jsou také součástí této práce. | cs |
| dc.description.abstract | This master's thesis focuses on search for sequences potentially forming quadruplexes in DNA sequences, their visualization and filtration. For this purpose a web application was created in cooperation with the Institute of biophysics of Academy of science of Czech republic. This application uses a newly created algorithm able to find all possible formations of quadruplex within given input sequence. Design and implementation of this algorithm are also part of this thesis. | en |
| dc.description.mark | D | cs |
| dc.identifier.citation | SEČKA, M. Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012. | cs |
| dc.identifier.other | 78539 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/53723 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | sekundární struktura | cs |
| dc.subject | kvadruplex | cs |
| dc.subject | webová aplikace | cs |
| dc.subject | algoritmus | cs |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | secondary structure | en |
| dc.subject | quadruplex | en |
| dc.subject | web application | en |
| dc.subject | algorithm | en |
| dc.title | Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích | cs |
| dc.title.alternative | Quadruplex Detection in DNA Sequences | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2012-06-20 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-09-23:42:04 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 78539 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.26 15:13:07 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 19:34:55 | en |
| thesis.discipline | Bioinformatika a biocomputing | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |