Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích
Loading...
Date
Authors
Sečka, Martin
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním, vizualizací a filtrací sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy v sekvencích DNA. Ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR byla za tímto účelem vytvořena webová aplikace, která využívá nový algoritmus pro hledání všech možných umístění kvadruplexů v rámci zadané sekvence. Návrh a implementace tohoto algoritmu jsou také součástí této práce.
This master's thesis focuses on search for sequences potentially forming quadruplexes in DNA sequences, their visualization and filtration. For this purpose a web application was created in cooperation with the Institute of biophysics of Academy of science of Czech republic. This application uses a newly created algorithm able to find all possible formations of quadruplex within given input sequence. Design and implementation of this algorithm are also part of this thesis.
This master's thesis focuses on search for sequences potentially forming quadruplexes in DNA sequences, their visualization and filtration. For this purpose a web application was created in cooperation with the Institute of biophysics of Academy of science of Czech republic. This application uses a newly created algorithm able to find all possible formations of quadruplex within given input sequence. Design and implementation of this algorithm are also part of this thesis.
Description
Keywords
Citation
SEČKA, M. Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. PhDr. Karel Pala (člen)
Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2012-06-20
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na doplňující dotazy přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: 1. U experimentu (kapitola 5) píšete, že zobrazuje údaje z programu QFinder, který vytvořil Váš předchůdce. Jak se v těchto výsledcích projevili Vaše modifikace či nadstavba AllQFinder? 2. Jak lze pomoci Vašeho programu zjistit často se vyskytující parametry nalezených guaninových zhluků/kvadruplexů? Např. zda existuje nějaká preferovaná délka smyčky, vzájemná vzdálenost v genomu a podobně?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena