Simulace a optimalizace metod DNA výpočtů
Loading...
Date
Authors
Plevač, Lukáš
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce se zaměřuje na vytvoření programu pro simulaci architektury výpočtů SIMD||DNA a následné využití této simulace k navrhování nových algoritmů pro tuto architekturu, jako jsou například posuvný registr, 3-Stavový celulární automat nebo LFSR registr. SIMD||DNA patří mezi výpočetní architektury v oblasti DNA výpočtů, což je netradiční způsob výpočtů zcela odlišný od dnešních elektronických počítačů. Hlavním principem DNA výpočtů je využití vlastností DNA pro zpracování informací. Tato metoda přináší výhody v energetické efektivitě a masivním paralelismu teoreticky umožňujícím překonat současné limity zpracování informací. Taktéž nabízí vyšší hustotu ukládání informací, což vedlo k vzniku nového typu úložišť známých jako DNA digital data storage. SIMD||DNA je architekturou, která se snaží provádět výpočty s takto uloženými daty.
This work focuses on creating a program for simulating the SIMD||DNA computation architecture and subsequently utilizing this simulation to design new algorithms for this architecture, such as shift registers, 3-state cellular automata, or LFSR registers. SIMD||DNA belongs to the field of DNA computing architectures, which represent an unconventional computing method entirely different from today’s electronic computers. The main principle of DNA computing involves leveraging DNA properties for information processing. This method offers advantages in energy efficiency and massive parallelism, theoretically capable of surpassing current limits in information processing. It also provides higher information storage density, leading to the emergence of a new type of storage known as DNA digital data storage. SIMD||DNA is an architecture aimed at performing computations with data stored in this manner.
This work focuses on creating a program for simulating the SIMD||DNA computation architecture and subsequently utilizing this simulation to design new algorithms for this architecture, such as shift registers, 3-state cellular automata, or LFSR registers. SIMD||DNA belongs to the field of DNA computing architectures, which represent an unconventional computing method entirely different from today’s electronic computers. The main principle of DNA computing involves leveraging DNA properties for information processing. This method offers advantages in energy efficiency and massive parallelism, theoretically capable of surpassing current limits in information processing. It also provides higher information storage density, leading to the emergence of a new type of storage known as DNA digital data storage. SIMD||DNA is an architecture aimed at performing computations with data stored in this manner.
Description
Citation
PLEVAČ, L. Simulace a optimalizace metod DNA výpočtů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)
Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-17
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení