PLEVAČ, L. Simulace a optimalizace metod DNA výpočtů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.
Práci považuji za velmi kvalitní a k tomu navrhuji odpovídající hodnocení.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Informace k zadání | Téma bylo náročné, vyžadovalo seznámit se s vybranými oblastmi molekulární biologie a pokročilou metodou realizace DNA výpočtů. | ||
| Práce s literaturou | Bez výhrad. | ||
| Aktivita během řešení, konzultace, komunikace | Diplomant byl aktivní po celou dobu řešení, k tomuto bodu nemám výhrad. | ||
| Aktivita při dokončování | Práce byla dokončena včas a její text považuji za kvalitní. | ||
| Publikační činnost, ocenění | Bez publikační činnosti. |
Práca má vedecký prínos, je výborne spracovaná a experimenty poukazujú na funkčnosť konceptu aj implementovaného simulátora. Navrhujem A a nominujem študenta na ocenenie.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Náročnost zadání | Práca je vedeckého charakteru a má náročnejšie zadanie. Spočívala v preštudovaní state-of-the-art v oblasti SIMD|DNA výpočtov, existujúch simulátorov týchto výpočtov, a riešení vybraných úloh pomocou SIMD|DNA. Úlohou študenta bolo navrhnúť a implementovať SIMD|DNA simulátor a akcelerovať výpočty pomocou dostupných technológii. | ||
| Rozsah splnění požadavků zadání | Študent splnil všetky body zadania, za rozšírenia považujem: optimalizáciu zápisu úlohy v rámci simulátora (oproti riešeniu z vybraného a citovaného vedeckého článku), riešenie viacerých úloh - zadanie vyžadovalo simuláciu jednej vybranej úlohy, precízne experimenty v rámci akcelerácie behu simulátora. | ||
| Rozsah technické zprávy | Práca je v obvyklom rozmedzí, je informačne bohatá. | ||
| Prezentační úroveň technické zprávy | 90 | Práca má jasne daný koncept, kapitoly na seba vhodne nadväzujú. Práca je ale náročnejšia na čítanie, je to samozrejme dané náročnosťou riešenej problematiky, ale ocenila by som detailnejšiu definíciu pojmov, hlavne čo sa týka úvodu do kódovania dát a inštrukcií. Vlastný návrh simulátora, jeho parametrov, popis riešenia úloh a experimenty sú spracované a popísané detailne a zrozumiteľne. | |
| Formální úprava technické zprávy | 95 | Typografická aj jazyková stránka práce je v poriadku. | |
| Práce s literaturou | 95 | V práci je jasne oddelený povodný výskum (najmä vedecký článok z roku 2019) a študentom implementované rozšírenia. Celkovo je vidieť, že sa študent snažil nájsť všetky relevantné a čo najaktuálnejšie články k SIMD|DNA počítaniu. | |
| Realizační výstup | 100 | Realizačný výstup spočíva v implementácii simulátora SIMD|DNA výpočtov, ktorý bol použitý na simuláciu viacerých typov úloh. Simulátor podporuje 2 typy simulácie a umožňuje viaceré nastavenia, či už z pohľadu regulácie množstva genetického materiálu, teploty, času ale aj nastavenia pre podporu debugovania a zlepšenia užívateľskej prívetivosti. Beh simulátora je možné akcelerovať na CPU pomocou OpenMP a na GPU pomocou OpenACC. Simulátor je voľne dostupný. | |
| Využitelnost výsledků | Práca rozširuje aktuálny výzkum a je prakticky využiteľná. |
eVSKP id 153917