Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst
| but.committee | prof. Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (předseda) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (místopředseda) Doc. MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Vičar, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Studentka odpověděla na otázky oponenta. Ing. Vičar se zeptal jak se liší variation in species a assembling unknown genes. Ing. Harabiš se zeptal na to, proč se liší graf v prezentaci od grafu v práci. Ing. Sedlář se zeptal, čím je způsobena modrá čára v grafu a proč se zde metylace nevyskytuje, jaká byla coverage sekvence. Nebyla zde delece? Studentka neobhájila bakalářskou práci. Komise shledala zásadní nedostatky v realizaci práce, zejména ve vyhodnocení rozdílu mezi analyzovanými daty. | cs |
| but.jazyk | angličtina (English) | |
| but.program | Biomedicínská technika a bioinformatika | cs |
| but.result | práce nebyla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Vítková, Helena | en |
| dc.contributor.author | Hlavatá, Kristína | en |
| dc.contributor.referee | Sedlář, Karel | en |
| dc.date.created | 2023 | cs |
| dc.description.abstract | Táto bakalárska práca sa zameriava na detekciu metylácií DNA a vývoj metodiky typizácie bakteriálnych kmeňov. DNA metylácie hrajú kľúčovú úlohu ako regulačný mechanizmus v genóme, ktorý ovplyvňuje konečné vlastnosti organizmov. Použili sme DeepSignal2 na detekciu metylačných vzorov v 10 kmeňoch Klebsielly pneumoniae. Okrem toho sme navrhli metódu typizácie na základe identifikovaných metylácií pre kategorizáciu bakteriálnych kmeňov. Táto práca prispieva k zlepšeniu našeho chápania regulačných mechanizmov v bakteriálnych genómoch a predstavuje nový prístup k typizácii kmeňov pomocou vzorov metylácie DNA. Poskytuje cenné poznatky o charakterizácii a klasifikácii bakteriálnych kmeňov na základe ich metylómov. | en |
| dc.description.abstract | This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes. | cs |
| dc.description.mark | E | cs |
| dc.identifier.citation | HLAVATÁ, K. Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023. | cs |
| dc.identifier.other | 150800 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/213840 | |
| dc.language.iso | en | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | metylácia | en |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | genóm | en |
| dc.subject | sekvenovanie | en |
| dc.subject | detekcia | en |
| dc.subject | skladanie genómu | en |
| dc.subject | methylation | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | genome | cs |
| dc.subject | sequencing | cs |
| dc.subject | detection | cs |
| dc.subject | genome assembly | cs |
| dc.title | Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst | en |
| dc.title.alternative | Typing of bacterial populations based on methylation site detection | cs |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2023-06-14 | cs |
| dcterms.modified | 2023-09-04-08:38:21 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 150800 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.17 17:17:07 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.16 00:04:27 | en |
| thesis.discipline | bez specializace | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |