HLAVATÁ, K. Typizace bakteriálních populací na základě detekce metylačních míst [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Studentka Kristína Hlavatá se ve své práci zaměřila na typizaci bakteriálních kmenů na základě vzájemné podobnosti výskytu metylovaných nukleotidových bází v genomu. Rozsah práce je 33 stran od úvodu po závěr a je podložena 51 referencemi z výlučně zahraničních zdrojů. Teoretická část práce je na přiměřené úrovni, vytýkám jen místy přílišné rozebírání témat okrajově souvisejících s prací (např. první generace sekvenátorům, amplikonové sekvenování apod.) v porovnání se stěžejními tématy (např. metody detekce metylace). Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni a nemám k ní výhrady. Oceňuji i snahu studentky vypracovat práci v anglickém jazyce. Hlavní nedostatek práce je její praktická část. Studentka značně podcenila časovou náročnost práce i přes varování po nedostatečně rozpracované semestrální práci. Větší část semestru se studentka potýkala se samotnou detekcí metylovaných míst a na návrh a ladění metodiky pozičního srovnání výskytu metylací mezi bakteriálními kmeny jí prakticky nezbyl čas. Ačkoliv se jí nakonec povedlo detekovat alespoň jeden typ metylace v deseti bakteriálních genomech a jejich výskyt vzájemně jednoduše srovnat, získané výsledky a závěry jsou znehodnoceny faktickými nedostatky ve vyhodnocení. Srovnání počtu metylací v genomech (Fig. 2.4) zobrazuje počet metylovaných čtení, ne počet metylovaných pozic. Výsledný dendrogram (Fig. 2.6) neukazuje příbuzné sekvenční typy, ale nejbližší bakteriální kmeny v závislosti na parametrech sekvenování (tj. se stejným pokrytím, stejným sekvenačním kitem). Práci by bylo vhodné doplnit o podrobnější biologickou interpretaci výsledků, nebo srovnání s výsledky jiných autorů. Vzhledem k náročnosti a experimentálnosti tématu však i přes zmíněné nedostatky hodnotím zadání na minimální úrovni za splněné a doporučuji práci k obhajobě.
Studentka Kristína Hlavatá se ve své práci zabývala analýzou 10 kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae, přičemž porovnávala, jak se tyto bakterie liší z hlediska 5mC metylací. Práce je členěna do 2 hlavních kapitol oddělujících teoretickou a praktickou část práce. Teoretická část práce je svým rozsahem jistě dostatečná, nicméně je psaná poměrně zmatečně a textu není jednoduché porozumět. V podstatě již první věta úvodu tvrdící, že detekce metylací je technika, která umožňuje porovnání rozdílů genů, nedává smysl. Takových vět se prací prolínají desítky. Ke špatnému porozumění textu přispívá i nevhodné členění práce, kdy například basecalling je vysvětlen v jiné kapitole než samotná sekvenace. Některé podkapitoly praktické a teoretické část práce se pak shodují v názvu, což je také nevhodné. Bohužel porozumění zásadním pojmům často znemožňuje špatná práce s literaturou, kdy jsou referencovány celé odstavce, ne faktické údaje. Seznam literatury není číslovaný ani podle prvního výskytu, ani podle abecedy. Nejsou také vysvětleny některé zásadní pojmy, např. pojem epigenetika. Některé kapitoly obsahující zavádějící údaje, třeba kapitola o Sangerově sekvenování a některé tabulky shrnující důležité údaje pravděpodobně nejsou úplně aktuální (př. Tab 1.1) a u některých není jasné, jak byly uvedené údaje získány (př. Tab 1.3). Praktická část je pak poměrně krátká a zaujímá cca 10 stran, přičemž 2 strany pojednávají o de novo assembly, která nakonec nebyla použita. Obsahuje také mnohé faktické chyby, např: NCBI určitě není databáze, takže z ní nemohl být získán genom, ani není uvedeno přístupové číslo použité referenční sekvence, strom v obrázku 2.6 není stromem fylogenetickým, atd. Myslím, že se ani zdaleka nepodařilo splnit potenciál tématu, který měl podle názvu vést k typizaci jednotlivých kmenů, ne jen prostému srovnání metylovaných bází. Zaráží mě i přiložené skripty, protože obsahují parametry překračující výpočetní kapacitu ústavního serveru, na které byly výsledky počítány. Jak jsem již nastínil výše, ani po formální stránce není práce příliš kvalitní. Spoléhá převážně na převzaté obrázky, z nichž některé nejsou dostatečně vysvětleny, např. v obrázku 1.3 není jasné, co jsou čtverečky s čísly a různě barevná kolečka na tyčce. Práce je psaná anglicky, což vnímám pozitivně, nicméně obsahuje tolik nevhodných a špatně přeložených výrazů, že to nesmírně snižuje její kvalitu. I přes všechny výtky je ale patrné, že studentka zvládla netriviální výpočetní analýzu a dosáhla určitých výsledků, díky kterým považuji zadání práce za splněné. Proto práci doporučuji k obhajobě a hodnotím jako dostatečnou.
eVSKP id 150800