Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (místopředseda) Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Jiří Tomáš, Dr. (člen) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Student obhájil diplomovou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorVítková, Helenacs
dc.contributor.authorVadják, Šimoncs
dc.contributor.refereeProvazník, Valentýnacs
dc.date.created2014cs
dc.description.abstractDiplomová práce poskytuje ucelený přehled resamplingových metod pro testování správnosti topologie fylogenetických stromů odhadujících průběh fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí. Důraz byl kladen také na možnosti vzniku nepřesností v tomto odhadu a na možnosti jejich odstranění a odhalení. Tyto metody byly realizovány v programovém prostředí Matlab pro Bootstrapping, Jackknifing, OTU jackknifing a PTP test (permutation tail probability). Práce si klade za cíl otestovat jejich použitelnost na různých biologických sekvencích a také posoudit vliv volby vstupních parametrů analýzy na výsledky těchto statistických testů.cs
dc.description.abstractThe master's thesis provides a comprehensive overview of resampling methods for testing the correctness topology of the phylogenetic trees which estimate the process of phylogeny on the bases of biological sequences similarity. We focused on the possibility of errors creation in this estimate and the possibility of their removal and detection. These methods were implemented in Matlab for Bootstrapping, jackknifing, OTU jackknifing and PTP test (Permutation tail probability). The work aims to test their applicability to various biological sequences and also to assess the impact of the choice of input analysis parameters on the results of these statistical tests.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationVADJÁK, Š. Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.cs
dc.identifier.other73077cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/31563
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectfylogenetický stromcs
dc.subjectsubstituční maticecs
dc.subjectskórovací maticecs
dc.subjectdistanční maticecs
dc.subjectevoluční modelcs
dc.subjecttaxoncs
dc.subjectneighbor joiningcs
dc.subjectbootstrappingcs
dc.subjectjackknifingcs
dc.subjectPTP testcs
dc.subjectpermutation tail probabilitycs
dc.subjectOTU jackknifingcs
dc.subjectresamplingové testycs
dc.subjectphylogenetic treeen
dc.subjectsubstitution matrixen
dc.subjectscoring matrixen
dc.subjectdistance matrixen
dc.subjectevolutionary modelen
dc.subjecttaxonen
dc.subjectneighbor joiningen
dc.subjectbootstrappingen
dc.subjectjackknifingen
dc.subjectPTP testen
dc.subjectpermutation tail probabilityen
dc.subjectOTU jackknifingen
dc.subjectresampling testsen
dc.titleStatistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencícs
dc.title.alternativeStatistic evaluation of phylogeny of biological sequencesen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2014-06-11cs
dcterms.modified2014-06-13-12:06:41cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid73077en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 13:12:35en
sync.item.modts2025.01.17 12:53:29en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
3.96 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
60.24 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_73077.html
Size:
4.95 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_73077.html
Download
Collections
2014