VADJÁK, Š. Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Student Šimon Vadják se ve své práci zaměřil na analýzu použitelnosti a přesnosti statistických testů hodnotících kvalitu fylogenetických stromů. K tomuto účelu vytvořil programové rozhraní umožňující měnit parametry ovlivňující výsledek fylogenetické analýzy a s využitím čtyř standartních statistických testů vyhodnotit jejich vliv na různé fáze fylogenetické analýzy. K dané problematice vypracoval odpovídající literární rešerši. Hodnotnou částí práce je analýza statistických metod, kde demonstruje a řádně diskutuje jejich aplikovatelnost na různé typy sekvenčních dat a vyhodnocuje jejich úspěšnost v detekci častých chyb, ke kterým při tvorbě fylogenetických stromů dochází. Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni, vytknout lze jen nižší kvalita a horší čitelnost některých obrazových výstupů. Student přistupoval k řešení práce aktivně a pravidelně své výsledky konzultoval.
Student Šimon Vadják se zabýval metodami hodnocení sestavování fylogenetických stromů na základě molekulárně biologických znaků. Jedná se o velmi potřebnou problematiku. Optimalizace a použití testů pro hodnocení správnosti sestavení fylogenetických stromů je nezbytné ve fylogenetické analýze, kde může snadno dojít k chybám např. při zvolení nevhodných markerů – reprezentantů sekvencí. Text práce je v rozsahu 69 stran bez příloh a obsahuje seznam 48 relevantních odborných pramenů. Po formální stránce je práce velmi dobře zpracovaná, struktura a úprava textu je plně akceptovatelná. V práci nalézt jen několik málo omylů, např. záhadný cyticin v tabulce 1. Po odborné stránce je práce dobře koncipovaná, obsahuje všechny potřebné části. Oceňuji zejména výstižný popis jednotlivých metod a vysvětlení jejich vlastností a jejich obvyklé programové implementace. Rovněž je účelná část popisující realizaci algoritmů z pohledu informatika. V části 5. Analýza resamplingových testů jsou uvedeny výsledky podrobného ověřování jednotlivých testů a vlivu charakteru vstupních dat na jejich efektivitu. Zde však chybí přesná specifikace a zdůvodnění výběru použitých sekvencí: proč byl vybrán marker 18S rRNA, proč byla vybrána skupina právě 12 primátů, kteří primáti (čeledě, rody) byli zastoupeni v testovací skupině. Obdobně je tomu u následujících testů. Předloženou práci hodnotím přes uvedené výtky velmi pozitivně a získané výsledky považuji za užitečné pro odborníky pracujícími v oblasti tvorby fylogenetických stromů.
eVSKP id 73077