Analýza strukturních elementů DNA
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) prof. Ing. Martin Drahanský, Ph.D. (člen) doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Jan Staudek, CSc. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: V závěru práce uvádíte, že nástroj trackAnalysis se zaměřuje na 5 druhů analýz, ale uvádíte zde pouze 4. Jaká je ta pátá? Podle čeho byla stanovena délka promotoru při prováděných testech? | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Martínek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.author | Knytl, Marek | cs |
| dc.contributor.referee | Burgetová, Ivana | cs |
| dc.date.created | 2013 | cs |
| dc.description.abstract | Cílem této diplomové práce je návrh a implementace nástroje trackAnalysis pro statistickou analýzu strukturních elementů na DNA. Pozice jednotlivých elementů v rámci genomu jsou získány v podobě stopy a nad těmito pozicemi poté nástroj provádí sadu analýz, mezi které patří test náhodnosti stopy, test vzdáleností stop od genů, klasifikace, detekce shluků a překryvů. Výsledky jednotlivých testů je možné navzájem propojit. Výsledek bude poté zobrazen ve formě výpisu, grafu, případně nové anotační stopy. Důležitou částí této práce je rovněž otestování výsledného nástroje na sadě reálných dat. | cs |
| dc.description.abstract | The aim of this master's thesis is the design and implementation of tool trackAnalysis for statistical analysis of DNA structure elements. The positions of individual elements in genome are obtained in the form of the track, and with these positions the tool performs a set of analyzes, including randomness test of track, test examining distances between track and genes, detection of clusters and overlaps. The indivudual tests results can be linked together. The results will be displayed in the form of a list, a graph or a new annotation track. An important part of this thesis is also testing the resulting tool on a set of real data. | en |
| dc.description.mark | C | cs |
| dc.identifier.citation | KNYTL, M. Analýza strukturních elementů DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013. | cs |
| dc.identifier.other | 79384 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/52708 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | Anotační stopa | cs |
| dc.subject | transkripční faktor | cs |
| dc.subject | Gene ontology | cs |
| dc.subject | BED | cs |
| dc.subject | R | cs |
| dc.subject | Bioconductor | cs |
| dc.subject | analýza stop | cs |
| dc.subject | Annotation track | en |
| dc.subject | transcription factor | en |
| dc.subject | Gene ontology | en |
| dc.subject | BED | en |
| dc.subject | R | en |
| dc.subject | Bioconductor | en |
| dc.subject | track analysis | en |
| dc.title | Analýza strukturních elementů DNA | cs |
| dc.title.alternative | Analysis of DNA Structure Elements | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2013-06-19 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-10-16:11:14 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 79384 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.26 15:14:12 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 23:52:51 | en |
| thesis.discipline | Bioinformatika a biocomputing | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |