Analýza strukturních elementů DNA
Loading...
Date
Authors
Knytl, Marek
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Cílem této diplomové práce je návrh a implementace nástroje trackAnalysis pro statistickou analýzu strukturních elementů na DNA. Pozice jednotlivých elementů v rámci genomu jsou získány v podobě stopy a nad těmito pozicemi poté nástroj provádí sadu analýz, mezi které patří test náhodnosti stopy, test vzdáleností stop od genů, klasifikace, detekce shluků a překryvů. Výsledky jednotlivých testů je možné navzájem propojit. Výsledek bude poté zobrazen ve formě výpisu, grafu, případně nové anotační stopy. Důležitou částí této práce je rovněž otestování výsledného nástroje na sadě reálných dat.
The aim of this master's thesis is the design and implementation of tool trackAnalysis for statistical analysis of DNA structure elements. The positions of individual elements in genome are obtained in the form of the track, and with these positions the tool performs a set of analyzes, including randomness test of track, test examining distances between track and genes, detection of clusters and overlaps. The indivudual tests results can be linked together. The results will be displayed in the form of a list, a graph or a new annotation track. An important part of this thesis is also testing the resulting tool on a set of real data.
The aim of this master's thesis is the design and implementation of tool trackAnalysis for statistical analysis of DNA structure elements. The positions of individual elements in genome are obtained in the form of the track, and with these positions the tool performs a set of analyzes, including randomness test of track, test examining distances between track and genes, detection of clusters and overlaps. The indivudual tests results can be linked together. The results will be displayed in the form of a list, a graph or a new annotation track. An important part of this thesis is also testing the resulting tool on a set of real data.
Description
Keywords
Anotační stopa , transkripční faktor , Gene ontology , BED , R , Bioconductor , analýza stop , Annotation track , transcription factor , Gene ontology , BED , R , Bioconductor , track analysis
Citation
KNYTL, M. Analýza strukturních elementů DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Martin Drahanský, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jan Staudek, CSc. (člen)
Date of acceptance
2013-06-19
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: V závěru práce uvádíte, že nástroj trackAnalysis se zaměřuje na 5 druhů analýz, ale uvádíte zde pouze 4. Jaká je ta pátá? Podle čeho byla stanovena délka promotoru při prováděných testech?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena