Funkční anotace nemodelových bakterií s využitím sekvenční homologie
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Genomová sekvence je důležitým zdrojem informací v oblasti biologie, a proto je neustálým předmětem zájmu vědeckého výzkumu. Na práci s genomem a jeho analýzu nabízí bioinformatika různé výpočetní metody. Tato práce se věnuje bakteriálnímu genomu, jeho organizaci, základním vlastnostem a následně popisuje jeho anotaci. Zaměřuje se hlavně na funkční anotaci (popis biologické funkce predikovaných genů) na základě přiřazení takzvaných klastrů ortologních genů (COG) s využitím sekvenční homologie. Popisuje nejpoužívanější nástroje a databáze, které se využívají pro COG anotaci a poté několik z nich porovnává při anotaci sedmi bakteriálních genomů. Jejím hlavním cílem je navrhnout metodu, která vylepší COG anotaci a zjednoduší její výslednou vizualizaci.
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
The genome sequence is an essential informational resource in the field of biology and it is, therefore, a constant subject of scientific research. Bioinformatics offers computational methods for genome’s automatic analysis and processing. The bachelor thesis is dedicated to the bacterial genome, its organization, and fundamental characteristics, and subsequently description of its annotation. It mainly focuses on functional annotation (description of the biological function of predicted genes) using assignment to clusters of orthologous genes (COG) based on sequential homology. It describes the most commonly used tools and databases that use this type of annotation and then compares some of them by annotating seven bacterial genomes. Its main task is to propose a new method that improves COG annotation and makes it easy to visualize.
Description
Citation
POLAKOVIČOVÁ, P. Funkční anotace nemodelových bakterií s využitím sekvenční homologie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Ing. Martin Černý, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Radovan Smíšek (člen)
Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)
MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen)
Ing. Tomáš Vičar (člen)
Date of acceptance
2022-06-15
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Vičar položil otázku: Volá Váš kód pouze ostatní rozhraní? Jak vzniká konsenzus? Mají lineární náročnost i podsystémy?
doc. Černý položil otázku, došlo k případu shody dvou metod oproti třetí?
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení