Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (místopředseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen) Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen) MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen) Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Kolářová položila otázku: Nebylo lepší namísto 50. vzorku použít například průměru ze zvoleného okna? Ing. Smital položil otázku: Jak se z DNA získá signál, který jste analyzovala? Jakých hodnot může signál nabývat? Dr. Vondra položil otázku: Jsou v sekvenátoru přítomné elektrolyty? Mohla byste dovysvětlit koeficient používaný pro vyhodnocení? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSedlář, Karelcs
dc.contributor.authorKarmazinová, Innacs
dc.contributor.refereeMaděránková, Denisacs
dc.date.accessioned2018-10-21T21:54:19Z
dc.date.available2018-10-21T21:54:19Z
dc.date.created2018cs
dc.description.abstractBakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.cs
dc.description.abstractThe aim of this bachelor thesis is to search for overlaps between signals from nanopore sequencing using MinION device version R9. The theoretical part deals with methods used for genome assembly - greedy algorithm, overlap-layout-consensus (OLC) and de Bruijn graphs. Oxford Nanopore Technologies introduced the MinION device, which simplifies sequencing using the current change, which occurs while the DNA is passing through the nanopore. The error rate of the device is still high, the accuracy problem occurs during the base-calling. Using the difference signal, possibly also the dynamic time warping, it is possible to find overlaps between the individual signals. Signal analysis and genome assembly using the MinION signal could provide better accuracy.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationKARMAZINOVÁ, I. Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.cs
dc.identifier.other110505cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/82813
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectde Bruijnovy grafycs
dc.subjectdynamické borcení časové osycs
dc.subjecthladový algoritmuscs
dc.subjectsestavování genomucs
dc.subjectMinIONcs
dc.subjectnanopórcs
dc.subjectoverlap-layout-consensuscs
dc.subjectrozdílový signálcs
dc.subjectde Bruijn graphsen
dc.subjectdifference signalen
dc.subjectdynamic time warpingen
dc.subjectgenome assemblyen
dc.subjectgreedy algorithmen
dc.subjectMinIONen
dc.subjectnanoporeen
dc.subjectoverlap-layout-consensusen
dc.titlePřímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopóremcs
dc.title.alternativeDirect assembly of genome signals from nanopore sequencingen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2018-06-15cs
dcterms.modified2018-06-18-07:32:03cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid110505en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 16:00:02en
sync.item.modts2021.11.12 15:35:09en
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
1.95 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
1.65 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_110505.html
Size:
6.04 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_110505.html
Download
Collections
2018