Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Bakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.
The aim of this bachelor thesis is to search for overlaps between signals from nanopore sequencing using MinION device version R9. The theoretical part deals with methods used for genome assembly - greedy algorithm, overlap-layout-consensus (OLC) and de Bruijn graphs. Oxford Nanopore Technologies introduced the MinION device, which simplifies sequencing using the current change, which occurs while the DNA is passing through the nanopore. The error rate of the device is still high, the accuracy problem occurs during the base-calling. Using the difference signal, possibly also the dynamic time warping, it is possible to find overlaps between the individual signals. Signal analysis and genome assembly using the MinION signal could provide better accuracy.
The aim of this bachelor thesis is to search for overlaps between signals from nanopore sequencing using MinION device version R9. The theoretical part deals with methods used for genome assembly - greedy algorithm, overlap-layout-consensus (OLC) and de Bruijn graphs. Oxford Nanopore Technologies introduced the MinION device, which simplifies sequencing using the current change, which occurs while the DNA is passing through the nanopore. The error rate of the device is still high, the accuracy problem occurs during the base-calling. Using the difference signal, possibly also the dynamic time warping, it is possible to find overlaps between the individual signals. Signal analysis and genome assembly using the MinION signal could provide better accuracy.
Description
Citation
KARMAZINOVÁ, I. Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (předseda)
Mgr. Daniel Vlk, CSc. (místopředseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen)
Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen)
MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)
Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-15
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Kolářová položila otázku: Nebylo lepší namísto 50. vzorku použít například průměru ze zvoleného okna?
Ing. Smital položil otázku: Jak se z DNA získá signál, který jste analyzovala? Jakých hodnot může signál nabývat?
Dr. Vondra položil otázku: Jsou v sekvenátoru přítomné elektrolyty? Mohla byste dovysvětlit koeficient používaný pro vyhodnocení?
Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení