Nástroj pro celogenomovou analýzu genů z rodiny p53 a p63 ve vztahu k sekundárním strukturám DNA

Abstract

Táto práca je zameraná na vývoj interaktívneho online nástroja pre celogenomovú analýzu génov rodiny TP53 a P63 vo vzťahu k lokálnym sekundárnym štruktúram DNA, konkrétne G-kvadruplexom v ich blízkosti. Nástroj rieši nedostatočnú dostupnosť a neaktuálnosť existujúcich riešení, ktoré obmedzujú efektívnu prácu na výskume nádorových ochorení. Integruje bohatú databázu potenciálnych väzbových miest a umožňuje rýchle filtrovanie výsledkov podľa chromozómu, pravdepodobnostného skóre či dôkazov z experimentálnych dát. Export filtrovaných údajov do formátu vhodného pre ďalšie spracovanie podporuje integráciu do vedeckých publikácií a projektových analýz. Tento webový nástroj tak prináša cennú podporu pri identifikácii väzbových miest proteínov P53 a P63 a otvára nové možnosti pre cielenú liečbu mutácií spájaných s karcinogenézou.

This thesis focuses on the development of an interactive online tool for whole-genome analysis of TP53 and P63 family genes in relation to local DNA secondary structures, specifically G-quadruplexes nearby. The tool addresses the lack of availability and outdated solutions that hinder effective cancer research workflows. It integrates a comprehensive database of potential binding sites and allows rapid filtering by chromosome, scoring thresholds, and experimental evidence. Exporting filtered data in formats suitable for further bioinformatics processing facilitates integration into scientific publications and project analyses. By enabling precise identification of P53 and P63 binding sites, this web application paves the way for targeted therapeutic strategies against mutation-driven carcinogenesis.