Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech

Simple item page
but.committeeprof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen) Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen) Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Dr. Jakubíček se zeptal na český ekvivalent termínu small-RNA? Jak velký úsek je tvořen sRNA? Dr. Škutková položila otázku na rozličné pokrytí sekvencí. Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorŠabatová, Kateřinacs
dc.contributor.authorPomykalová, Barboracs
dc.contributor.refereeČejková, Darinacs
dc.date.created2023cs
dc.description.abstractTato diplomová práce se zaměřuje na problematiku detekce small RNA (sRNA) v bakteriálním genomu. Small RNA jsou krátké nekódující transkripty, které hrají klíčovou roli v genové expresi. K dnešnímu dni existuje několik algoritmů zaměřujících se na detekci sRNA z RNA-Sequencing (RNA-Seq) dat, jež mohou být získána z některých sekvenačních platforem. Nejčastěji jsou používány platformy Illumina či Ion Torrent, spadající do nové generace sekvenování, a PacBio s Oxford Nanopore patřící do třetí generace sekvenování. V této práci byly popsány principy detekce sRNA u volně dostupných nástrojů a následně byl navržen vlastní nástroj pro detekci sRNA – nástroj SEARCHsRNA. Dva z volně dostupných nástrojů – Rockhopper a DETR’PROK, společně s nástrojem SEARCHsRNA, byly otestovány na datech RNA-Seq pro bakterii Vibrio atlanticus LGP32.cs
dc.description.abstractThis diploma thesis focuses on the detection of small RNA (sRNA) in the bacterial genome. sRNAs are short non-coding transcripts that play a key role in gene expression. To date, there are several algorithms focusing on the detection of sRNAs from RNA-Sequencing (RNA-Seq) data that can be obtained by some of the sequencing platforms. The most frequently used platforms are Illumina and Ion Torrent belonging to the next generation sequencing and PacBio with Oxford Nanopore belonging to the third generation of sequencing. In this work, the workflow of sRNA detection using freely available tools was described and then an own unique tool for sRNA detection – the SEARCHsRNA tool – was designed. Two open-source software tools – Rockhopper and DETR'PROK, together with newly created tool, were tested on RNA-Seq data for bacteria Vibrio atlanticus LGP32.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationPOMYKALOVÁ, B. Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.cs
dc.identifier.other150860cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/210052
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectsmall RNAcs
dc.subjectRNA-Seqcs
dc.subjectnekódující RNAcs
dc.subjectgenová expresecs
dc.subjectregulacecs
dc.subjectsekvenační platformycs
dc.subjectpredikce sRNAcs
dc.subjectsmall RNAen
dc.subjectRNA-Seqen
dc.subjectnon-coding RNAen
dc.subjectgene expressionen
dc.subjectregulationen
dc.subjectsequencing platformsen
dc.subjectprediction of sRNAen
dc.titleNástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datechcs
dc.title.alternativeA tool for prediction of small RNA in RNA-Seq dataen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2023-06-07cs
dcterms.modified2023-06-09-09:09:07cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid150860en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 14:33:37en
sync.item.modts2025.01.15 22:39:04en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
7.52 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
77.24 KB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_150860.html
Size:
6.09 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_150860.html
Download
Collections
2023