POMYKALOVÁ, B. Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Studentka Barbora Pomykalová vypracovala diplomovou práci zabývající se vytvořením nástroje pro predikci small RNA v RNA-Seq datech. V teoretické části se studentka věnovala studiu dostupných nástrojů a metod pro predikce sRNA u bakterií. Na základě provedené rešerše následně studentka navrhla a implementovala vlastní přístup pro vyhledávání a klasifikaci sRNA v RNA-Seq datech v jazyce R. Vlastní nástroj je v práci detailně popsán a následně srovnán s dalšími dvěma nástroji. Studentka k práci přistupovala velmi aktivně a docházela na pravidelné konzultace. K práci tedy nemám žádné zásadní výtky snad kromě několika formálních nedostatků (špatně vytvořené křížové odkazy na reference, horší kvalita některých obrázků, zvláštní číslování rovnic (opakující se číslování 0.1 a 0.2) či nedostatečné popsání os u některých grafů (obrázek 4.2 až 4.5)). Celkově práce považuji za velice zdařilou s novými a zajímavými výsledky a hodnotím ji stupněm výborně/A (92 bodů).
Diplomová práce Bc. Barbory Pomykalové se zabývá detekcí malých RNA (sRNA), které mají zejména regulační funkci na úrovni transkripce. Téma je to nové a aktuální, které se rozvinulo až s nástupem nových sekvenačních technik, nicméně v důsledku složitosti experimentálního i bioinformatického přístupu se do popředí zájmu dostává až v posledních letech. Dlouhá léta bylo téma temné hmoty v genomice (jak se malých regulujícím RNA říká) opomíjené, nicméně současné poznatky ukazují, že hraje důležitou úlohu v eukaryotickém i prokaryotickém organizmu. Diplomová práce je výstižně napsána, pro detekci byly zvoleny dva současné nástroje a třetí byl navržen. Nejednoznačné výsledky při použití různých nástrojů pomocí Rockhopper a DETR’PROK a nově navrženého SEARCHsRNA (identifikace sRNA, jejich orientace v genomu a vůči operonu cis a trans) naznačují, že tato oblast je velmi dynamická a vyžaduje ještě mnoho úsilí k standardizaci. Tato diplomová práce přispěla k lepšímu pochopení úskalí a přinesla nové metody analýzy. K práci mám jen určité připomínky: Dle autorky mají sRNA „schopnost regulovat tuto mRNA primárně i sekundárně“. Bohužel není úplně vysvětleno, co se tím míní. Obrázek 2.4 je alespoň pro mě bez bližšího popisu nepochopitelný. Při popisku Illumina sekvenování je popsána jen detekce sekvenačního čtení jednoho vlákna, i když je pravda, že zrovna v transkriptomice se velmi často používá single-end mod. A také nesouhlasím s tvrzením, že ONT je „PRVNÍ sekvenační metodu, která nevyužívá při samotné sekvenaci replikaci“. Nicméně prací hodnotím velice zdařile (95 bodů).
eVSKP id 150860