but.committee	prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (člen) Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen) doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. - reviewer (člen) doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D. (člen) doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (člen) Prof. Dr. Caroline Friedel - reviewer (člen)	cs
but.defence	Studentka seznámila komisi se základními tezemi disertační práce, po přednesení posudků školitele a oponentů následovalo odpovězení otázek. Všechny otázky byly zodpovězeny, s odpověďmi byli oponenti spokojeni. Ve veřejné diskuzi padlo několik dotazů, které byly rovněž zodpovězeny. Následovala neveřejná část zasedání a hlasování.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Biomedicínské technologie a bioinformatika	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Sedlář, Karel	en
dc.contributor.author	Musilová, Jana	en
dc.contributor.referee	Friedel, Caroline	en
dc.contributor.referee	Šafránek,, David	en
dc.date.created	2024	cs
dc.description.abstract	Komplexní znalost genomu a fenotypu biotechnologicky využitelných bakterií je pro jejich uplatněnění klíčová, přesto přístupy k zevrubnému poznání těchto organismů převážně chybí. Cílem disertační práce je proto navržení nových výpočetních metod pro popis genomových a funkčních vlastností zaměřených na nemodelové bakterie. Úvodní část práce se věnuje metodám anotace genomu. Zahrnuje vývoj nové pipeline pro hybridní sestavování celého genomu, její aplikaci na různé bakterie a následnou identifikaci zájmových oblastí genomu těchto bakterií. Následující část rozebírá metody funkčního popisu se zaměřením na přístupy ke studiu genové regulace. Podrobně jsou shrnuty aktuální přístupy a je představen nový balíček pro odvozování genových regulačních sítí a Booleovských sítí včetně jeho testování.	en
dc.description.abstract	Comprehensive knowledge of the genome and phenotype of biotechnologically usable bacteria is crucial for their exploitation. However, approaches to a complex understanding of these organisms are widely lacking. The dissertation, therefore, aims to propose novel computational methods for describing the genomic and functional characteristics targeted at non-model bacteria. The initial part of the thesis is focused on the genome annotation methods. Developing a novel pipeline for whole-genome hybrid assembly is included, as well as its application to various bacteria and consequent identification of their genomic regions of interest. Subsequently, functional description methods focused on approaches for studying gene regulation are covered. In detail, the state-of-the-art approaches are reviewed, and the development and testing of a package for gene regulatory network and Boolean network inference are presented.	cs
dc.description.mark	P	cs
dc.identifier.citation	MUSILOVÁ, J. Pokročilé metody genomové anotace a funkčního popisu nemodelových organismů v biotechnologickém výzkumu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.	cs
dc.identifier.other	159164	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/245579
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	sekvenace	en
dc.subject	skládání genomu	en
dc.subject	anotace genomu	en
dc.subject	analýza RNA-Seq	en
dc.subject	biologické modelování	en
dc.subject	odvození genové regulační sítě	en
dc.subject	odvození Booleovské sítě	en
dc.subject	sequencing	cs
dc.subject	genome assembly	cs
dc.subject	genome annotation	cs
dc.subject	RNA-Seq analysis	cs
dc.subject	biological modeling	cs
dc.subject	gene regulatory network inference	cs
dc.subject	Boolean network inference	cs
dc.title	Pokročilé metody genomové anotace a funkčního popisu nemodelových organismů v biotechnologickém výzkumu	en
dc.title.alternative	Advanced Methods for Genome Annotation and Functional Description of Non-Model Organisms in Biotechnology Research	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	doctoralThesis	en
dc.type.evskp	dizertační práce	cs
dcterms.dateAccepted	2024-05-20	cs
dcterms.modified	2024-05-29-10:06:46	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
sync.item.dbid	159164	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.27 12:11:15	en
sync.item.modts	2025.01.15 19:54:40	en
thesis.discipline	bez specializace	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství	cs
thesis.level	Doktorský	cs
thesis.name	Ph.D.	cs

Pokročilé metody genomové anotace a funkčního popisu nemodelových organismů v biotechnologickém výzkumu

Files

Original bundle

Collections