Akcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencích

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. PhDr. Karel Pala (člen) Ing. Jaroslav Rozman, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudent nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na doplňující dotazy přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " A ". Otázky u obhajoby: 1. Jak si vysvětlujete chování programu na krátkých sekvencích na obr. 4.1? 2. Která z vlastností hledaných sekvencí nejvíce komplikovala paralelizaci na GPU?cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programInformační technologiecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMartínek, Tomášcs
dc.contributor.authorWeiser, Michalcs
dc.contributor.refereeLexa, Matejcs
dc.date.accessioned2019-05-17T07:17:45Z
dc.date.available2013-06-20cs
dc.date.created2012cs
dc.description.abstractTriplexní formy DNA mají vliv na některé základní buněčné funkce. Informace o jejich umístění v genomech a všech vlivech na funkce organismu přesto nejsou známy. Většina algoritmů pro hledání triplexů neuvažuje důležité vlastnosti a možnost výskytu chyb. Komplexní algoritmy jsou velmi výpočetně náročné. Tato práce navrhuje způsob urychlení algoritmu, který při hledání triplexů uvažuje všechny známé informace. Akcelerací algoritmu pomocí paralelního zpracování technologií CUDA bylo dosaženo až 50-ti násobného zrychlení.cs
dc.description.abstractTriplex forms of DNA act as main factors of some important cell functions. However, their positions within genome and their effect on cell functions are not known well. Triplex search algorithms often don't consider many of triplexs features and the possibility of occurrence of errors. In the other hand the complexity of full featured algorithms is extremely high. This paper shows the way to speed up the algorithm that considers all known triplex features. Parallel aproach allows due to CUDA technology acceleration up to 50.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationWEISER, M. Akcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.cs
dc.identifier.other78621cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/53578
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsPřístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 1 roku/letcs
dc.subjecttriplexcs
dc.subjectDNAcs
dc.subjectgrafické kartycs
dc.subjectCUDAcs
dc.subjectakceleracecs
dc.subjecttriplexen
dc.subjectDNAen
dc.subjectgraphic cardsen
dc.subjectCUDAen
dc.subjectaccelerationen
dc.titleAkcelerace algoritmů pro hledání triplexů v DNA sekvencíchcs
dc.title.alternativeAcceleration of Algorithms for Triplex Detection in DNA Sequencesen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2012-06-20cs
dcterms.modified2020-05-09-23:42:36cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
sync.item.dbid78621en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.22 23:09:06en
sync.item.modts2021.11.22 22:49:16en
thesis.disciplineBioinformatika a biocomputingcs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémůcs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
review_78621.html
Size:
1.46 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_78621.html
Download
Collections
2012