BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

Simple item page
dc.contributor.authorVelecký, Jancs
dc.contributor.authorBerezný, Matejcs
dc.contributor.authorMusil, Milošcs
dc.contributor.authorDamborský, Jiřícs
dc.contributor.authorBednář, Davidcs
dc.contributor.authorMazurenko, Stanislavcs
dc.coverage.issue9cs
dc.coverage.volume40cs
dc.date.accessioned2025-06-13T11:55:57Z
dc.date.available2025-06-13T11:55:57Z
dc.date.issued2024-09-15cs
dc.description.abstractProtein design requires information about how mutations affect protein stability. Many web-based predictors are available for this purpose, yet comparing them or using them en masse is difficult. Here, we present BenchStab, a console tool/Python package for easy and quick execution of 19 predictors and result collection on a list of mutants. Moreover, the tool is easily extensible with additional predictors. We created an independent dataset derived from the FireProtDB and evaluated 24 different prediction methods.en
dc.description.abstractNávrh proteinu vyžaduje informace o tom, jak mutace ovlivňují stabilitu proteinu. Pro tento účel existuje množství webových prediktorů, přesto je jejich porovnání nebo hromadné použití obtížné. Zde představujeme BenchStab, konzolový nástroj/balíček pro snadné a rychlé spuštění 19 prediktorů a sběr výsledků na seznamu mutantů. Nástroj je snadno rozšiřitelný o další prediktory. Vytvořili jsme také nezávislý datový soubor odvozený z FireProtDB a vyhodnotili jsme 24 různých predikčních metod.cs
dc.formattextcs
dc.format.extent1-8cs
dc.format.mimetypeapplication/pdfcs
dc.identifier.citationBIOINFORMATICS. 2024, vol. 40, issue 9, p. 1-8.en
dc.identifier.doi10.1093/bioinformatics/btae553cs
dc.identifier.issn1367-4803cs
dc.identifier.orcid0000-0001-9373-7930cs
dc.identifier.other189729cs
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11012/252347
dc.language.isoencs
dc.publisherOxford University Presscs
dc.relation.ispartofBIOINFORMATICScs
dc.relation.urihttps://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/9/btae553/7755040cs
dc.rightsCreative Commons Attribution 4.0 Internationalcs
dc.rights.accessopenAccesscs
dc.rights.sherpahttp://www.sherpa.ac.uk/romeo/issn/1367-4803/cs
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/cs
dc.subjectprediction of stabilityen
dc.subjectprotein stabilityen
dc.subjectweb-toolsen
dc.subjectbenchmarkingen
dc.subjectpredikce stability
dc.subjectstabilita proteinů
dc.subjectwebové nástroje
dc.subjectsrovnání nástrojů
dc.titleBenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictorsen
dc.title.alternativeBenchStab: nástroj pro automatické vyhodnocení webových prediktorů stabilitycs
dc.type.driverarticleen
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.type.versionpublishedVersionen
sync.item.dbidVAV-189729en
sync.item.dbtypeVAVen
sync.item.insts2025.06.13 13:55:57en
sync.item.modts2025.06.13 13:33:03en
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémůcs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
btae553.pdf
Size:
1.11 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
file btae553.pdf
Download
Collections
Ústav informačních systémů