BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

Velecký, Jan; Berezný, Matej; Musil, Miloš; Damborský, Jiří; Bednář, David; Mazurenko, Stanislav

BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

Files

btae553.pdf(1.11 MB)

Date

2024-09-15

Authors

Velecký, Jan

Berezný, Matej

Musil, Miloš

Damborský, Jiří

Bednář, David

Mazurenko, Stanislav

ORCID

0000-0001-9373-7930

Publisher

Oxford University Press

Altmetrics

Abstract

Protein design requires information about how mutations affect protein stability. Many web-based predictors are available for this purpose, yet comparing them or using them en masse is difficult. Here, we present BenchStab, a console tool/Python package for easy and quick execution of 19 predictors and result collection on a list of mutants. Moreover, the tool is easily extensible with additional predictors. We created an independent dataset derived from the FireProtDB and evaluated 24 different prediction methods.
Návrh proteinu vyžaduje informace o tom, jak mutace ovlivňují stabilitu proteinu. Pro tento účel existuje množství webových prediktorů, přesto je jejich porovnání nebo hromadné použití obtížné. Zde představujeme BenchStab, konzolový nástroj/balíček pro snadné a rychlé spuštění 19 prediktorů a sběr výsledků na seznamu mutantů. Nástroj je snadno rozšiřitelný o další prediktory. Vytvořili jsme také nezávislý datový soubor odvozený z FireProtDB a vyhodnotili jsme 24 různých predikčních metod.

Keywords

prediction of stability, protein stability, web-tools, benchmarking, predikce stability, stabilita proteinů, webové nástroje, srovnání nástrojů

Citation

BIOINFORMATICS. 2024, vol. 40, issue 9, p. 1-8.
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/9/btae553/7755040

Document type

Peer-reviewed

Document version

Published version

Language of document

en

Document licence

Creative Commons Attribution 4.0 International
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/