Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Valentýna Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (místopředseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen) prof. MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (člen) MUDr. Lenka Forýtková, CSc. (člen)cs
but.defenceStudent prezentoval výsledky své bakalářské práce. Komise byla seznámena s posudkem vedoucího práce a oponenta. Do diskuze se zapojil prof. Provazník a Ing. Vítek.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMaděránková, Denisacs
dc.contributor.authorLabounek, Renécs
dc.contributor.refereeProvazník, Valentýnacs
dc.date.created2010cs
dc.description.abstractPráce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak.cs
dc.description.abstractThe work deals with the method of recognizing species on the analysis of mitochondrial DNA segment. This analysis and classification using segment gene called CO1 in literatures such as barcode of life. In the beginning of work is analyzed the mitochondrial theory of heredity and conditions of formation of barcode. Practical use is based on this theory in creating database of barcodes generated to different animal species. Data used for creating the library are drawn from public databases NCBI and BOLD Systems. The next part of this work concerns about methods of comparison of the individual barcodes to the others and especially to the barcode of human. Three main computing methods were used tore these analyses: Needleman-Wunsch algorithm, Smith- Waterman algorithm and comparison of similarities using distance matrix. This work also concerns about transformation of DNA molecule sequences from symbols to numeric formats, which is required for the distance matrix comparison method. Algorithms for searching for a barcode of a species and vice versa were created to ease the work with data.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationLABOUNEK, R. Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2010.cs
dc.identifier.other30673cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/14269
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectčárový kódcs
dc.subjectvlajka čárového kóducs
dc.subjectmitochondriecs
dc.subjectmitochondriální DNAcs
dc.subjectgenomcs
dc.subjectgen CO1cs
dc.subjectNCBIcs
dc.subjectdruhcs
dc.subjectjedineccs
dc.subjectdatacs
dc.subjectdatabázecs
dc.subjectBOLD Systemscs
dc.subjectNeedleman-Wusnchův algoritmuscs
dc.subjectSmith- Watermanův algoritmuscs
dc.subjectdistanční maticecs
dc.subjectnumerický formátcs
dc.subjectbarcodeen
dc.subjectbarcode flagen
dc.subjectmitochondriaen
dc.subjectmitochondrial DNAen
dc.subjectgenomeen
dc.subjectgene CO1en
dc.subjectNCBIen
dc.subjectspeciesen
dc.subjectspecimenen
dc.subjectdataen
dc.subjectdatabaseen
dc.subjectBOLD Systemsen
dc.subjectNeedleman-Wunsh algorithmen
dc.subjectSmith-Waterman algorithmen
dc.subjectdistance matrixen
dc.subjectnumerical formaten
dc.titlePorovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhůcs
dc.title.alternativeComparison of mitochondrial DNA for species identificationen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2010-06-17cs
dcterms.modified2010-07-13-11:45:06cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid30673en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.16 13:13:39en
sync.item.modts2025.01.17 12:58:57en
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
1.67 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
4.79 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_30673.html
Size:
6.33 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_30673.html
Download
Collections
2010