Světlem ovládané biomolekuly

Simple item page
but.committeeprof. RNDr. Tomáš Šikola, CSc. (předseda) prof. RNDr. Miroslav Liška, DrSc. (místopředseda) prof. RNDr. Bohumila Lencová, CSc. (člen) prof. RNDr. Jiří Komrska, CSc. (člen) prof. RNDr. Petr Dub, CSc. (člen) prof. RNDr. Radim Chmelík, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Jiří Spousta, Ph.D. (člen) prof. Ing. Ivan Křupka, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Pavel Zemánek, Ph.D. (člen) RNDr. Antonín Fejfar, CSc. (člen)cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programAplikované vědy v inženýrstvícs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorKulhánek, Petrcs
dc.contributor.authorPlaner, Jakubcs
dc.contributor.refereeBartošík, Miroslavcs
dc.contributor.refereeVácha,, Robertcs
dc.date.created2015cs
dc.description.abstractTato práce je zaměřena na molekulárně dynamické simulace umělého fotocitlivého iontového kanálu a AFM hrotu. Při sestavování modelu iontového kanálu byly použity DFT metody pro reparametrizaci silového pole GAFF popisující přemostěný azobenzen, který sloužil jako světlem ovládaný molekulární přepínač, a pomocí simulací jsme prokázali, že námi vyvinuté parametry vhodně popisují chování sestaveného modelu iontového kanálu v lipidové dvouvrstvě. Dále jsme sestavili model AFM hrotu a pomocí molekulární dynamiky pozorovali vznik vodního menisku mezi hrotem a podložkou z -křemene. Přínosem této práce je soubor nových parametrů opravující silové pole GAFF pro správný popis přemostěného azobenzenu, ověření funkčnosti modelu navrhnutého iontového kanálu a vytvoření funkčního modelu AFM hrotu, na kterém je možno dále studovat vznik vodního menisku.cs
dc.description.abstractThis work is focused on molecular dynamics simulations of artificial photosensitive ion channel and AFM probe. To assemble this ion channel, DFT methods were employed for reparametrization of the GAFF force field describing the bridged azobenzene, which was used as a light controlled molecular switch. We proved by molecular dynamics simulations that newly developed parameters correctly describe behavior of assembled model of ion channel in a lipid bilayer. We also constructed a model of AFM probe and observed formation of water meniscus between the AFM probe and surface, both made of -quartz, by employing molecular dynamics simulations. A contribution of this work is the set of new parameters extending GAFF force field for description of the bridged azobenzene. We also verified functionality of ion channel model and model of AFM probe, which can be used for the further water meniscus studies.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationPLANER, J. Světlem ovládané biomolekuly [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2015.cs
dc.identifier.other83930cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/41572
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrstvícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectReparametrizacecs
dc.subjectmolekulová mechanikacs
dc.subjectmolekulární dynamikacs
dc.subjectDFTcs
dc.subjectiontový kanálcs
dc.subjectpřemostěný azobenzencs
dc.subjectAFM hrotcs
dc.subjectvodní meniskuscs
dc.subjectReparametrizationen
dc.subjectmolecular mechanicsen
dc.subjectmolecular dynamicsen
dc.subjectDFTen
dc.subjection channelen
dc.subjectbridged azobenzeneen
dc.subjectAFM probeen
dc.subjectwater meniscusen
dc.titleSvětlem ovládané biomolekulycs
dc.title.alternativePhotocontrolled Biomoleculesen
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2015-06-25cs
dcterms.modified2025-01-07-10:18:18cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta strojního inženýrstvícs
sync.item.dbid83930en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.26 07:11:10en
sync.item.modts2025.01.15 19:47:51en
thesis.disciplineFyzikální inženýrství a nanotechnologiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. Ústav fyzikálního inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
1.86 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
12.8 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_83930.html
Size:
9.76 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_83930.html
Download
Collections
2015