Molekulární simulace vodných roztoků alifatických alkoholů

Abstract

Cílem této bakalářské práce bylo provést série molekulárně dynamických simulací vodných roztoků alifatických alkoholů v nekonečném zředění. Pro práci s molekulárně dynamickými simulacemi bylo nutné seznámit se s programovým vybavením umožňujícím molekulárně dynamické simulace spustit a poté vyhodnotit. V rámci této práce byly simulovány soubory obsahující 300, 400, 500 a 1000 molekul vody a jednu molekulu alifatického alkoholu. Z výsledků simulací byly určovány změny objemu simulačního boxu spojené s vložením jedné molekuly alkoholu do systému (odpovídající parciálnímu molárnímu objemu) a radiální distribuční funkce mezi jednotlivými páry atomů. Výsledky byly porovnány s experimentálními daty.The aim of this bachelor thesis was to carry out set of molecular dynamic simulations of aqueous solutions of aliphatic alcohols in infinite attenuation. In order to work with molecular dynamic simulations it was necessary to become familiar with the program equipment to perform molecular dynamic simulations and analyze the results. Within the work the basic simulation boxes contained 300, 400, 500 and 1000 water molecules and one molecule of aliphatic alcohol. From the simulated trajectories we evaluated the volume change associated with the insertion of one particle of alcohol and the radial distribution functions around the molecule of solute. The results were compared with experimental data.