Porovnání a převod databází signálních drah
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz.
The main topic of this work are comparison and transformations of pathway databases. Large part is dedicated to databases KEGG and BioCarta. In work are described formats of provided data. In process of searching for overlapping pathways between databases are used clustering, edit distance, NCBI gene numbers and equivalent relationships comparison. The system was written in C++ and using XML parser. Results are text outputs, eventually files in DOT language, which can be executed with GraphViz to generate graphs.
The main topic of this work are comparison and transformations of pathway databases. Large part is dedicated to databases KEGG and BioCarta. In work are described formats of provided data. In process of searching for overlapping pathways between databases are used clustering, edit distance, NCBI gene numbers and equivalent relationships comparison. The system was written in C++ and using XML parser. Results are text outputs, eventually files in DOT language, which can be executed with GraphViz to generate graphs.
Description
Keywords
Signální dráha, databáze KEGG, KGML, databáze BioCarta, PID (Pathway Interaction Database), Graphviz, Levenshteinova vzdálenost, NCI (National Cancer Institute), NCBI (National Center for Biotechnology Information), Signaling pathway, database KEGG, KGML, database BioCarta, PID (Pathway Interaction Database), Graphviz, Levenshtein distance, NCI (National Cancer Institute), NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Citation
NĚMEČEK, P. Porovnání a převod databází signálních drah [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2008.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
Date of acceptance
2008-06-12
Defence
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení