Sestavování pan-genomů na základě sekvenční homologie

Abstract

Cílem této bakalářské práce je studium principů sestavování pan-genomu na základě sekvenční podobnosti genů mezi různými organismy. Práce se zaměřuje na průzkum existujících nástrojů a databází pro pan-genomové sestavování a na testování těchto nástrojů na vhodně vybraném souboru genomů. Dále práce navrhuje vlastní metodu pro sestavování pan-genomů a implementuje výpočetní nástroj doplněný o funkce pro analýzu a porovnávání jednotlivých organismů a možnost jeho využití v dalších funkčních anotačních nástrojích. V závěru jsou porovnány výsledky jednotlivých přístupů a diskutována rychlost a přesnost metod.

The aim of this bachelor thesis is to study the principles of pan-genome assembly based on sequence similarity of genes between different organisms. The thesis focuses on a survey of existing tools and databases for pan-genome assembly and on testing these tools on a suitably selected set of genomes. Furthermore, the thesis proposes its own method for assembling pan-genomes and implements a computational tool complemented with features for analysis and comparison of individual organisms and the possibility of using it in other functional annotation tools. Finally, the results of the different approaches are compared and the speed and accuracy of the methods are discussed.