but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: V jaké formě jsou dostupné informace o tom, že daný primerový pár je schopen amplifikovat konkrétní 16S rRNA sekvenci? Uvažuje vytvořená aplikace výskyt různých variant 16S rRNA v rámci jednoho organizmu? Pokud ne, dala by se o tuto možnost rozšířit?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie a umělá inteligence	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Smatana, Stanislav	cs
dc.contributor.author	Jurča, Jan	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.accessioned	2022-06-24T06:55:48Z
dc.date.available	2022-06-24T06:55:48Z
dc.date.created	2022	cs
dc.description.abstract	Hlavním cílem této práce byl návrh a implementace webové aplikace, která je, na základě uživatelské volby, schopna ohodnotit primerové páry určené pro 16S rRNA amplikonové sekvenování a zjednodušit uživateli výběr primerového párů pro jeho specifické potřeby. Ohodnocení je realizováno na základě databáze primerových párů, která obsahuje data o specifitě a senzitivitě každého jednoho primerového páru. Součástí práce byla i výkonnostní optimalizace algortimu pro výpočet senzitivity a specificity a jeho integrace do aplikace. Díky čemuž aplikace umožňuje uživateli provést analýzu vlastního primerového páru a získat informace o pozici amplifikovaného regionu, senzitivitě a specificitě.	cs
dc.description.abstract	Main goal of this thesis was an implementation of web application, that can evalutate and recommend primer pairs for 16S rRNA amplicon sequencing, according to users specific needs and by this simplify the procces of primer pair selection. Primer pair evaluation is based on database of primer pairs, which contains data about senzitivity and specifity of each primer pair. Part of the work was also the performance optimization of the primer pair analysis algorithm, that computes senzitivity and specifity data. This optimization helped in an integration of algorithm into the application, which means that users can submit their own primer pair sequences, run analysis and get informations about position of amplified region, sensitivity and specifity.	en
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	JURČA, J. Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.	cs
dc.identifier.other	145475	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/207874
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	metagenomika	cs
dc.subject	16S rRNA	cs
dc.subject	amplikonové sekvenování	cs
dc.subject	PCR	cs
dc.subject	primer	cs
dc.subject	webová aplikace	cs
dc.subject	metagenomic	en
dc.subject	16S rRNA	en
dc.subject	amplicon sequencing	en
dc.subject	PCR	en
dc.subject	primer	en
dc.subject	web application	en
dc.title	Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA	cs
dc.title.alternative	Web Application for Primer Selection for 16S rRNA Amplicon Sequencing	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2022-06-21	cs
dcterms.modified	2022-06-23-09:13:51	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	145475	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2022.06.24 08:55:48	en
sync.item.modts	2022.06.24 08:12:49	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Webová aplikácia pre výber sekvenačných primerov pre amplikónové sekvenovanie 16S rRNA

Files

Original bundle

Collections