Aplikace pro zarovnávání částí DNA
| but.committee | doc. Ing. František Zbořil, CSc. (předseda) doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Jan Kořenek, Ph.D. (člen) Mgr. Ing. Pavel Očenášek, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm D (uspokojivě). Otázky u obhajoby: Co znamená zkratka VLIW? Čím si vysvětlujete, že při překladu programu překladačem GCC běží nad náhodnými daty nejrychleji neoptimalizovaná verze programu? (alg. Needleman-Wunsch) | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Rozman, Jaroslav | cs |
| dc.contributor.author | Kašpárek, Tomáš | cs |
| dc.contributor.referee | Žák, Jakub | cs |
| dc.date.created | 2012 | cs |
| dc.description.abstract | Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL. | cs |
| dc.description.abstract | This thesis deals with DNA sequences alignment methods with focus on execution speed of given task and its optimality. The outcome of this thesis results in multiple programs, which presents DNA alignment algorithms and their versions programmed with OpenCL libraries, which are optimized on calculation rate. Text of this thesis apprises reader with DNA alignment problematic and its importance in biology. Further, algorithms for DNA alignment and options of their speed-up using libraries like CUDA or OpenCL are presented. | en |
| dc.description.mark | D | cs |
| dc.identifier.citation | KAŠPÁREK, T. Aplikace pro zarovnávání částí DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012. | cs |
| dc.identifier.other | 78664 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/55153 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | zarovnání | cs |
| dc.subject | DNA | cs |
| dc.subject | genetika | cs |
| dc.subject | biologie | cs |
| dc.subject | bioinformatika | cs |
| dc.subject | Needleman-Wunsch | cs |
| dc.subject | Smith-Waterman | cs |
| dc.subject | Clustal | cs |
| dc.subject | BLAST | cs |
| dc.subject | SSE | cs |
| dc.subject | MMX | cs |
| dc.subject | CUDA | cs |
| dc.subject | ATI Stream | cs |
| dc.subject | OpenCL | cs |
| dc.subject | paralelismus | cs |
| dc.subject | alignment | en |
| dc.subject | DNA | en |
| dc.subject | genetics | en |
| dc.subject | biology | en |
| dc.subject | bioinformatics | en |
| dc.subject | Needleman-Wunsch | en |
| dc.subject | Smith-Waterman | en |
| dc.subject | Clustal | en |
| dc.subject | BLAST | en |
| dc.subject | SSE | en |
| dc.subject | MMX | en |
| dc.subject | CUDA | en |
| dc.subject | ATI Stream | en |
| dc.subject | OpenCL | en |
| dc.subject | parallelism | en |
| dc.title | Aplikace pro zarovnávání částí DNA | cs |
| dc.title.alternative | Application for Alignment of DNA Parts | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2012-06-12 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-09-23:42:46 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 78664 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.18 17:53:59 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.17 11:38:46 | en |
| thesis.discipline | Informační technologie | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav inteligentních systémů | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |