Aplikace pro zarovnávání částí DNA
Loading...
Date
Authors
Kašpárek, Tomáš
ORCID
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL.
This thesis deals with DNA sequences alignment methods with focus on execution speed of given task and its optimality. The outcome of this thesis results in multiple programs, which presents DNA alignment algorithms and their versions programmed with OpenCL libraries, which are optimized on calculation rate. Text of this thesis apprises reader with DNA alignment problematic and its importance in biology. Further, algorithms for DNA alignment and options of their speed-up using libraries like CUDA or OpenCL are presented.
This thesis deals with DNA sequences alignment methods with focus on execution speed of given task and its optimality. The outcome of this thesis results in multiple programs, which presents DNA alignment algorithms and their versions programmed with OpenCL libraries, which are optimized on calculation rate. Text of this thesis apprises reader with DNA alignment problematic and its importance in biology. Further, algorithms for DNA alignment and options of their speed-up using libraries like CUDA or OpenCL are presented.
Description
Keywords
zarovnání, DNA, genetika, biologie, bioinformatika, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, Clustal, BLAST, SSE, MMX, CUDA, ATI Stream, OpenCL, paralelismus, alignment, DNA, genetics, biology, bioinformatics, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, Clustal, BLAST, SSE, MMX, CUDA, ATI Stream, OpenCL, parallelism
Citation
KAŠPÁREK, T. Aplikace pro zarovnávání částí DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
doc. Ing. František Zbořil, CSc. (předseda)
doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Jan Kořenek, Ph.D. (člen)
Mgr. Ing. Pavel Očenášek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2012-06-12
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm D (uspokojivě). Otázky u obhajoby: Co znamená zkratka VLIW? Čím si vysvětlujete, že při překladu programu překladačem GCC běží nad náhodnými daty nejrychleji neoptimalizovaná verze programu? (alg. Needleman-Wunsch)
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení