Nástroj pro vizualizaci mikrobiomových dat

Simple item page
but.defenceStudentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Jakým způsobem jsou z mikrobiálních dat typu sekvence 16SrRNA získány vektory hodnot pro PCA/PCoA analýzu a co tyto hodnoty reprezentují? V čem vnímáte největší výhodu použití nástroje ve spojení s databází? Proč výpočet pro PCoA trvá tak dlouho? Existují i jiné metody?cs
but.jazykangličtina (English)
but.programInformační technologiecs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorSmatana, Stanislaven
dc.contributor.authorMišáková, Silviaen
dc.contributor.refereeMartínek, Tomášen
dc.date.createdcs
dc.description.abstractTáto práca sa zameriava na vytvorenie nového nástroja pre vizualizáciu mikrobiomových dát. Vytvorený nástroj používa pre redukciu dimenzií analýzu hlavných komponent (PCA) a analýzu hlavných súradníc (PCoA). V prípade výpočtu dištančnej matice sú použité metriky Bray-Curtis odlišnosť a UniFrac. Spracované dáta sú následne ofarbené na základe užívateľom zvolených metadát. Výsledky sú prezentované pomocou dvoch typov grafov. Prvý z nich je stĺpcový a zobrazuje podiel každej hlavnej zložky. Druhý, bodový graf, vizualizuje konečný výsledok požadovanej analýzy. V rámci práce bola pridaná možnosť stiahnuť si vypočítanú maticu a taktiež tabuľku prvých N hlavných zložiek vypočítaných danou analýzou.en
dc.description.abstractThis Bachelor's thesis focuses on the development of a new tool for the visualization of microbiome data. The developed tool uses Principal Component Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA) for dimension reduction. Bray-Curtis difference and UniFrac distance metric are used for distance matrix calculation. Then, the processed data is colored based on user-selected metadata. The results are presented by two types of graphs. The first is a bar chart and shows the proportion of each principal component. The second, scatter chart, visualize the final result of the required analysis. As part of the development of the tool, the possibility to download the calculated matrix and also a table of the first N main components calculated by the analysis were added.cs
dc.description.markCcs
dc.identifier.citationMIŠÁKOVÁ, S. Nástroj pro vizualizaci mikrobiomových dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .cs
dc.identifier.other136617cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/199294
dc.language.isoencs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subject16S rRNAen
dc.subjectbioinformatikaen
dc.subjectBray-Curtis odlišnosťen
dc.subjectdištančná maticaen
dc.subjectDNAen
dc.subjectEmperoren
dc.subjectfylogenetický stromen
dc.subjectmetagenomikaen
dc.subjectmikrobiómen
dc.subjectmikrobiotaen
dc.subjectPCAen
dc.subjectPCoAen
dc.subjectRNAen
dc.subjectTensorflow Embedding Projectoren
dc.subjectUniFracen
dc.subjectvizualizáciaen
dc.subject16S rRNAcs
dc.subjectBioinformaticscs
dc.subjectBray-Curtis dissimilaritycs
dc.subjectDistance matrixcs
dc.subjectDNAcs
dc.subjectEmperorcs
dc.subjectMeta-genomicscs
dc.subjectMicrobiomecs
dc.subjectMicrobiotacs
dc.subjectPCAcs
dc.subjectPCoAcs
dc.subjectPhylogenetic treecs
dc.subjectRNAcs
dc.subjectTensorflow Embedding Projectorcs
dc.subjectUniFraccs
dc.subjectvisualizationcs
dc.titleNástroj pro vizualizaci mikrobiomových daten
dc.title.alternativeTool for Visualization of Microbiome Datacs
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.modified2021-06-19-12:16:31cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta informačních technologiícs
sync.item.dbid136617en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2025.03.18 19:33:30en
sync.item.modts2025.01.15 21:27:32en
thesis.disciplineInformační technologiecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémůcs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 4 of 4
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
1.97 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Vedouci prace-24220_v.pdf
Size:
86.2 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Vedouci prace-24220_v.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Oponent prace-24220_o.pdf
Size:
89.27 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Oponent prace-24220_o.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
review_136617.html
Size:
1.44 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
file review_136617.html
Download
Collections
2020