Nástroj pro vizualizaci mikrobiomových dat
Loading...
Date
Authors
Mišáková, Silvia
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Táto práca sa zameriava na vytvorenie nového nástroja pre vizualizáciu mikrobiomových dát. Vytvorený nástroj používa pre redukciu dimenzií analýzu hlavných komponent (PCA) a analýzu hlavných súradníc (PCoA). V prípade výpočtu dištančnej matice sú použité metriky Bray-Curtis odlišnosť a UniFrac. Spracované dáta sú následne ofarbené na základe užívateľom zvolených metadát. Výsledky sú prezentované pomocou dvoch typov grafov. Prvý z nich je stĺpcový a zobrazuje podiel každej hlavnej zložky. Druhý, bodový graf, vizualizuje konečný výsledok požadovanej analýzy. V rámci práce bola pridaná možnosť stiahnuť si vypočítanú maticu a taktiež tabuľku prvých N hlavných zložiek vypočítaných danou analýzou.
This Bachelor's thesis focuses on the development of a new tool for the visualization of microbiome data. The developed tool uses Principal Component Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA) for dimension reduction. Bray-Curtis difference and UniFrac distance metric are used for distance matrix calculation. Then, the processed data is colored based on user-selected metadata. The results are presented by two types of graphs. The first is a bar chart and shows the proportion of each principal component. The second, scatter chart, visualize the final result of the required analysis. As part of the development of the tool, the possibility to download the calculated matrix and also a table of the first N main components calculated by the analysis were added.
This Bachelor's thesis focuses on the development of a new tool for the visualization of microbiome data. The developed tool uses Principal Component Analysis (PCA) and Principal Coordinates Analysis (PCoA) for dimension reduction. Bray-Curtis difference and UniFrac distance metric are used for distance matrix calculation. Then, the processed data is colored based on user-selected metadata. The results are presented by two types of graphs. The first is a bar chart and shows the proportion of each principal component. The second, scatter chart, visualize the final result of the required analysis. As part of the development of the tool, the possibility to download the calculated matrix and also a table of the first N main components calculated by the analysis were added.
Description
Keywords
16S rRNA, bioinformatika, Bray-Curtis odlišnosť, dištančná matica, DNA, Emperor, fylogenetický strom, metagenomika, mikrobióm, mikrobiota, PCA, PCoA, RNA, Tensorflow Embedding Projector, UniFrac, vizualizácia, 16S rRNA, Bioinformatics, Bray-Curtis dissimilarity, Distance matrix, DNA, Emperor, Meta-genomics, Microbiome, Microbiota, PCA, PCoA, Phylogenetic tree, RNA, Tensorflow Embedding Projector, UniFrac, visualization
Citation
MIŠÁKOVÁ, S. Nástroj pro vizualizaci mikrobiomových dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. .
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Informační technologie
Comittee
Date of acceptance
Defence
Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Jakým způsobem jsou z mikrobiálních dat typu sekvence 16SrRNA získány vektory hodnot pro PCA/PCoA analýzu a co tyto hodnoty reprezentují? V čem vnímáte největší výhodu použití nástroje ve spojení s databází? Proč výpočet pro PCoA trvá tak dlouho? Existují i jiné metody?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení