but.committee	prof. RNDr. Petr Dub, CSc. (předseda) Ing. Ondřej Kučera, Ph.D. (člen) doc. Ing. Zdeněk Florian, CSc. (člen) doc. Ing. Lucy Vojtová, Ph.D. (člen) Ing. Petra Kochová, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Hlavním přínosem DDP je nová bendo-tensegritní koncepce modelu umožňující realističtější modelování struktury buňky v různých stavech a využití experimentů publikovaných ve světové literatuře pro stanovení materiálových parametrů tří různých mechanických zkoušek izolované buňky, jejichž odezvy byly porovnány s výsledky reálných experimentů.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Aplikované vědy v inženýrství	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Burša, Jiří	en
dc.contributor.author	Bansod, Yogesh Deepak	en
dc.contributor.referee	Kučera,, Ondřej	en
dc.contributor.referee	Florian, Zdeněk	en
dc.contributor.referee	Canadas, Patrick	en
dc.date.created	2016	cs
dc.description.abstract	Buňka tvoří složitý biologický systém vystavený mnoha mimobuněčným mechanickým podnětům. Hlubší pochopení jejího mechanického chování je důležité pro charakterizaci její odezvy v podmínkách zdraví i nemoci. Výpočtové modelování může rozšířit pochopení mechaniky buňky, která může přispívat k vytvoření vztahů mezi strukturou a funkcí různých typů buněk v různých stavech. Za tímto účelem byly pomocí metody konečných prvků (MKP) vytvořeny dva bendotensegritní modely buňky v různých stavech: model vznášející se buňky pro analýzu její globální mechanické odezvy, jako je protažení nebo stlačení, a model buňky přilnuté k podložce, který vysvětluje odezvu buňky na lokální mechanické zatížení, jako třeba vtlačování hrotu při mikroskopii atomárních sil (AFM). Oba zachovávají základní principy tensegritních struktur jako je jejich předpětí a vzájemné ovlivnění mezi komponentami, ale prvky se mohou nezávisle pohybovat. Zahrnutí nedávno navržené bendotensegritní koncepce umožňuje těmto modelům brát v úvahu jak tahové, tak i ohybové namáhání mikrotubulů (MTs) a také zahrnout vlnitost intermediálních filament (IFs). Modely předpokládají, že jednotlivé složky cytoskeletu mohou měnit svůj tvar a uspořádání, aniž by při jejich odstranění došlo ke kolapsu celé buněčné struktury, a tak umožňují hodnotit mechanický příspěvek jednotlivých složek cytoskeletu k mechanice buňky. Model vznášející se buňky napodobuje realisticky odezvu síla-deformace během protahování a stlačování buňky a obě odezvy ilustrují nelineární nárůst tuhosti s růstem mechanického zatížení. Výsledky simulací ukazují, že aktinová filamenta i mikrotubuly hrají klíčovou úlohu při určování tahové odezvy buňky, zatímco k její tlakové odezvě přispívají podstatně jen aktinová filamenta. Model buňky přilnuté k podložce dává odezvu síla-hloubka vtlačení ve dvou různých místech odpovídající nelineární odezvě zjištěné experimentálně při AFM. Výsledky simulací ukazují, že pro chování buňky je rozhodující místo vtlačení a její tuhost určují aktinová povrchová vrstva, mikrotubuly a cytoplazma. Navržené modely umožňují cenný vhled do vzájemných souvislostí mechanických vlastností buněk, do mechanické úlohy komponent cytoskeletu jak individuálně, tak i ve vzájemné synergii a do deformace jádra buňky za různých podmínek mechanického zatížení. Tudíž tato práce přispívá k lepšímu pochopení mechaniky cytoskeletu zodpovědné za chování buňky, což naopak může napomáhat ve zkoumání různých patologických podmínek jako je rakovina a cévní choroby.	en
dc.description.abstract	A cell is complex biological system subjected to the myriad of extracellular mechanical stimuli. A deeper understanding of its mechanical behavior is important for the characterization of response in health and diseased conditions. Computational modeling can enhance the understanding of cell mechanics, which may contribute to establish structure-function relationships of different cell types in different states. To achieve this, two finite element (FE) bendo-tensegrity models of a cell in different states are proposed: a suspended cell model elucidating the cell’s response to global mechanical loads, such as elongation and compression and an adherent cell model explicating the cell’s response to local mechanical load, such as indentation using atomic force microscopy (AFM). They keep the central principles of tensegrity such as prestress and interplay between components, but the elements are free to move independently of each other. Implementing the recently proposed bendo-tensegrity concept, these models take into account flexural (buckling) as well as tensional behavior of microtubules (MTs) and also incorporate the waviness of intermediate filaments (IFs). The models assume that individual cytoskeletal components can change form and organization without collapsing the entire cell structure when they are removed and thus, can evaluate the mechanical contribution of individual cytoskeletal components to the cell mechanics. The suspended cell model mimics realistically the force-elongation response during cell stretching and the force-deformation response during cell compression, and both responses illustrate a non-linear increase in stiffness with mechanical loads. The simulation results demonstrate that actin filaments (AFs) and MTs both play a crucial role in defining the tensile response of cell, whereas AFs contribute substantially to the compressive response of cell. For adherent cell model, the force-indentation responses at two distinct locations are in accordance with the non-linear behavior of AFM experimental data. The simulation results exhibit that the indentation site dominates the cell behavior and for cell rigidity actin cortex (AC), MTs, and cytoplasm are essential. The proposed models provide valuable insights into the interdependence of cellular mechanical properties, the mechanical role of cytoskeletal components individually and synergistically, and the nucleus deformation under different mechanical loading conditions. Therefore, this thesis contributes to the better understanding of the cytoskeletal mechanics, responsible for cell behavior, which in turn may aid in investigation of various pathological conditions like cancer and vascular diseases.	cs
dc.description.mark	P	cs
dc.identifier.citation	BANSOD, Y. Computational Simulation of Mechanical Tests of Isolated Animal Cells [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2016.	cs
dc.identifier.other	98027	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/63677
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Cytoskelet	en
dc.subject	bendo-tensegritní struktura	en
dc.subject	modelování	en
dc.subject	metoda konečných prvků	en
dc.subject	biomechanika buňky	en
dc.subject	mechanotransdukce	en
dc.subject	tahová zkouška	en
dc.subject	tlaková zkouška	en
dc.subject	AFM (mikroskopie atomárních sil)	en
dc.subject	Cytoskeleton	cs
dc.subject	Bendo-tensegrity	cs
dc.subject	Finite element modelling	cs
dc.subject	Cell biomechanics	cs
dc.subject	mechanotransduction	cs
dc.subject	tensile test	cs
dc.subject	compression test	cs
dc.subject	AFM (atomic force microscopy)	cs
dc.title	Computational Simulation of Mechanical Tests of Isolated Animal Cells	en
dc.title.alternative	Computational Simulation of Mechanical Tests of Isolated Animal Cells	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	doctoralThesis	en
dc.type.evskp	dizertační práce	cs
dcterms.dateAccepted	2016-12-16	cs
dcterms.modified	2016-12-19-13:27:12	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta strojního inženýrství	cs
sync.item.dbid	98027	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.27 14:42:17	en
sync.item.modts	2025.01.15 22:14:26	en
thesis.discipline	Inženýrská mechanika	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. Ústav mechaniky těles, mechatroniky a biomechaniky	cs
thesis.level	Doktorský	cs
thesis.name	Ph.D.	cs

Computational Simulation of Mechanical Tests of Isolated Animal Cells

Files

Original bundle

Collections