Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárního automatu
Loading...
Date
Authors
Šalanda, Vojtěch
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce přináší nový přístup k predikci sekundární struktury proteinů. K existujícím přístupům k této problematice zavádí novou metodu, založenou na celulárním automatu a jeho charakteristických vlastnostech. Hlavním cílem práce je zvýšení rychlosti predikce i za cenu mírného snížení její úspěšnosti. Pro nalezení optimálních parametrů běhu celulárního automatu je využito genetického algoritmu s vhodně definovanými genetickými operátory. Dosažené výsledky byly porovnány s výsledky existujících metod. Parametry predikce, se kterými bylo dosaženo nejvyšší úspěšnosti, byly použity ve výpočetním frameworku pro predikci sekundární struktury libovolného analyzovaného proteinu.
This thesis presents a new approach to the prediction of the secondary structure of proteins. It employs a new method based on cellular automata and its characteristic properties. The main objective is to increase speed of the prediction even at the cost of slight decrease of overall accuracy. Optimal parameters of cellular automata was found by genetic algorithm using suitable genetic operators. These parameters are incorporated into developed application for prediction. Finally, the results was compared with results of other tools for this purpose.
This thesis presents a new approach to the prediction of the secondary structure of proteins. It employs a new method based on cellular automata and its characteristic properties. The main objective is to increase speed of the prediction even at the cost of slight decrease of overall accuracy. Optimal parameters of cellular automata was found by genetic algorithm using suitable genetic operators. These parameters are incorporated into developed application for prediction. Finally, the results was compared with results of other tools for this purpose.
Description
Citation
ŠALANDA, V. Predikce sekundární struktury proteinů pomocí celulárního automatu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2012.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
doc. Ing. František Zbořil, CSc. (předseda)
prof. Ing. Martin Drahanský, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Peter Chudý, Ph.D., MBA (člen)
Ing. Josef Strnadel, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2012-06-14
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B (velmi dobře). Otázky u obhajoby: Zhrňte rozdiely, v ktorých sa líši Vaša metodológia tvorby celulárneho automatu a optimalizácie parametrov a metodológia v zdroji [2].
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení