but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen) prof. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Bylo by možné ověřit stabilitu předchůdců resp. následovníků s použitím nástrojů typu Rosetta nebo FoldX? Sekvence předchůdců i následovníků se aktuálně v nástroji predikují po jednotlivých sloupcích MSA. Je schopen se tento přístup vypořádat např. s korelovanými pozicemi nebo mutacemi vedoucími k narušení sekundárních struktur proteinu?	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie a umělá inteligence	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Musil, Miloš	en
dc.contributor.author	Štěpánek, Martin	en
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	en
dc.date.created	2022	cs
dc.description.abstract	Stabilita proteinů je zásadní vlastností ovlivňující možnosti průmyslového použití proteinů. Tato práce se zaměřuje na vylepšení automatizovaného nástroje FireProtASR, který využívá rekonstrukci ancestrálních sekvencí pro návrh proteinů se zvýšenou stabilitou. Do tohoto nástroje byla přidána nově navržená metoda rekonstrukce successorů. Successory představují sekvence proteinů, ke kterým bude v budoucnosti směřovat evoluce. Podle současných poznatků by měly mít vyšší aktivitu než současné proteiny, společně s vyšší schopností vázat se specificky na určité molekuly. Dále bylo vytvořeno nové webové uživatelské rozhraní, které poskytuje rychlé a intuitivní ovládání nástroje FireProtASR.	en
dc.description.abstract	Protein stability is a crucial feature for the industrial applications of proteins. This thesis focuses on the enhancements of FireProtASR, an automated tool for the design of stable proteins via ancestral sequence reconstruction. A novel technique of the successor prediction was developed and implemented into FireProtASR. Successors represent the evolutionary future of protein sequences and are supposed to have higher activity than current day proteins. They are also expected to have higher ability to target specific molecules. Furthermore, a new web user interface of FireProtASR was developed. It provides a fast and intuitive way to control the tool.	cs
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	ŠTĚPÁNEK, M. Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.	cs
dc.identifier.other	145434	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/207906
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	proteinové inženýrství	en
dc.subject	stabilita proteinů	en
dc.subject	predikce stability	en
dc.subject	rekonstrukce ancestrálních sekvencí	en
dc.subject	successory	en
dc.subject	protein engineering	cs
dc.subject	protein stability	cs
dc.subject	stability prediction	cs
dc.subject	ancestral sequence reconstruction	cs
dc.subject	successors	cs
dc.title	Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů	en
dc.title.alternative	Fully Automated Method for the Design of Ancestral Proteins	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2022-06-21	cs
dcterms.modified	2022-06-23-09:13:58	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	145434	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.26 15:36:05	en
sync.item.modts	2025.01.17 11:02:19	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů

Files

Original bundle

Collections