Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů
but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen) | cs |
but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Bylo by možné ověřit stabilitu předchůdců resp. následovníků s použitím nástrojů typu Rosetta nebo FoldX? Sekvence předchůdců i následovníků se aktuálně v nástroji predikují po jednotlivých sloupcích MSA. Je schopen se tento přístup vypořádat např. s korelovanými pozicemi nebo mutacemi vedoucími k narušení sekundárních struktur proteinu? | cs |
but.jazyk | angličtina (English) | |
but.program | Informační technologie a umělá inteligence | cs |
but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
dc.contributor.advisor | Musil, Miloš | en |
dc.contributor.author | Štěpánek, Martin | en |
dc.contributor.referee | Martínek, Tomáš | en |
dc.date.accessioned | 2022-06-24T07:56:01Z | |
dc.date.available | 2022-06-24T07:56:01Z | |
dc.date.created | 2022 | cs |
dc.description.abstract | Stabilita proteinů je zásadní vlastností ovlivňující možnosti průmyslového použití proteinů. Tato práce se zaměřuje na vylepšení automatizovaného nástroje FireProtASR, který využívá rekonstrukci ancestrálních sekvencí pro návrh proteinů se zvýšenou stabilitou. Do tohoto nástroje byla přidána nově navržená metoda rekonstrukce successorů. Successory představují sekvence proteinů, ke kterým bude v budoucnosti směřovat evoluce. Podle současných poznatků by měly mít vyšší aktivitu než současné proteiny, společně s vyšší schopností vázat se specificky na určité molekuly. Dále bylo vytvořeno nové webové uživatelské rozhraní, které poskytuje rychlé a intuitivní ovládání nástroje FireProtASR. | en |
dc.description.abstract | Protein stability is a crucial feature for the industrial applications of proteins. This thesis focuses on the enhancements of FireProtASR, an automated tool for the design of stable proteins via ancestral sequence reconstruction. A novel technique of the successor prediction was developed and implemented into FireProtASR. Successors represent the evolutionary future of protein sequences and are supposed to have higher activity than current day proteins. They are also expected to have higher ability to target specific molecules. Furthermore, a new web user interface of FireProtASR was developed. It provides a fast and intuitive way to control the tool. | cs |
dc.description.mark | A | cs |
dc.identifier.citation | ŠTĚPÁNEK, M. Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022. | cs |
dc.identifier.other | 145434 | cs |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/207906 | |
dc.language.iso | en | cs |
dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
dc.subject | proteinové inženýrství | en |
dc.subject | stabilita proteinů | en |
dc.subject | predikce stability | en |
dc.subject | rekonstrukce ancestrálních sekvencí | en |
dc.subject | successory | en |
dc.subject | protein engineering | cs |
dc.subject | protein stability | cs |
dc.subject | stability prediction | cs |
dc.subject | ancestral sequence reconstruction | cs |
dc.subject | successors | cs |
dc.title | Nástroj pro automatizovaný návrh ancestrálních proteinů | en |
dc.title.alternative | Fully Automated Method for the Design of Ancestral Proteins | cs |
dc.type | Text | cs |
dc.type.driver | masterThesis | en |
dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
dcterms.dateAccepted | 2022-06-21 | cs |
dcterms.modified | 2022-06-23-09:13:58 | cs |
eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
sync.item.dbid | 145434 | en |
sync.item.dbtype | ZP | en |
sync.item.insts | 2022.06.24 09:56:01 | en |
sync.item.modts | 2022.06.24 08:15:58 | en |
thesis.discipline | Bioinformatika a biocomputing | cs |
thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů | cs |
thesis.level | Inženýrský | cs |
thesis.name | Ing. | cs |
Files
Original bundle
1 - 4 of 4
Loading...
- Name:
- final-thesis.pdf
- Size:
- 4.1 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- final-thesis.pdf
Loading...
- Name:
- Posudek-Vedouci prace-24649_v.pdf
- Size:
- 86.3 KB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- Posudek-Vedouci prace-24649_v.pdf
Loading...
- Name:
- Posudek-Oponent prace-24649_o.pdf
- Size:
- 89.01 KB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- Posudek-Oponent prace-24649_o.pdf
Loading...
- Name:
- review_145434.html
- Size:
- 1.46 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- review_145434.html