but.committee	doc. Dr. Ing. Dušan Kolář (předseda) prof. Ing. Tomáš Hruška, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) Ing. Jiří Hynek, Ph.D. (člen) Ing. Vladimír Veselý, Ph.D. (člen) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B. Otázky u obhajoby: Proč jste váš nástroj neohodnotil na datových sadách publikovaných v [52] a neporovnal s existujícími nástroji? Zkoušel jste i jiné rozdělení prediktorů do skupin, než dle pH, ASA a sekundárních struktur? Jaká je velikost používaných datasetů (v bytech)? Plánujete práci zpracovat do podoby publikace?	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie a umělá inteligence	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Musil, Miloš	en
dc.contributor.author	Doseděl, Ondřej	en
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	en
dc.date.accessioned	2022-06-24T06:55:15Z
dc.date.available	2022-06-24T06:55:15Z
dc.date.created	2022	cs
dc.description.abstract	Proteiny jsou základním stavebním blokem všech žijících organismů, kde jsou zodpovědné za mnoho důležitých procesů. Jsou složeny z řetězců aminokyselin. Tyto řetězce mohou být jakkoliv změněné. Tomuto procesu se říká mutace a může být samovolná nebo indukovaná v laboratoři. Cílem této práce bylo vytvoření nových modelů pro určení stability proteinů. Skládá se ze dvou modelů. První model je multi-agentní systém pro klasifikaci stability proteinů. Nejlepší multi-agentní systém získal přesnost 0.7 a 0.41 MCC. Druhá část se~zabývala predikcí konkrétních hodnot G, kde byl vytvořený Extreme Gradient Boosting model, který získal 1.67 RMSE a 0.53 PCC. Součástí této práce byly představené 2 datasety, které jsou na sobě plně nezávislé, použitelné pro trénování a validaci modelů.	en
dc.description.abstract	Proteins are building blocks of every living organism, as they are responsible for multiple crucial functions. They consist of amino acids chains and these chains can be changed. The change is called mutation. Mutation can happen naturally, or created in laboratory. The~aim of this thesis is to present novel methology for determining protein's stability upon mutations. It consists of two models. The first model is multi-agent system which handles classification into two classes, i.e, stabilizing and destabilizing. The best model gained 0.7~ACC and 0.41 MCC. The second part dealt with predicting exact values of G where an Extreme Gradient Boosting model was created which managed to gain 1.67 RMSE with 0.53 PCC. New datasets for training and validation, which are truly independent, were also introduced in this thesis.	cs
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	DOSEDĚL, O. Multi-agentní systém pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.	cs
dc.identifier.other	145412	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/207816
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	protein	en
dc.subject	strojové učení	en
dc.subject	stabilita proteinů	en
dc.subject	klasifikace	en
dc.subject	regrese	en
dc.subject	mutace	en
dc.subject	protein	cs
dc.subject	machine learning	cs
dc.subject	protein stability	cs
dc.subject	classification	cs
dc.subject	regression	cs
dc.subject	mutations	cs
dc.subject	Extreme Gradient Boosting	cs
dc.title	Multi-agentní systém pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů	en
dc.title.alternative	Multi-Agent System for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stability	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2022-06-21	cs
dcterms.modified	2022-06-23-09:13:48	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	145412	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2022.06.24 08:55:15	en
sync.item.modts	2022.06.24 08:13:15	en
thesis.discipline	Informační systémy a databáze	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Multi-agentní systém pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů

Files

Original bundle

Collections