Single Fluorescence Channel-based Multiplex Detection of Avian Influenza Virus by Quantitative PCR with Intercalating Dye

dc.contributor.authorAhrberg, Christian D.cs
dc.contributor.authorManz, Andreascs
dc.contributor.authorNeužil, Pavelcs
dc.coverage.issue11479cs
dc.coverage.volume5cs
dc.date.issued2015-06-19cs
dc.description.abstractSince its invention in 1985 the polymerase chain reaction (PCR) has become a well-established method for amplification and detection of segments of double-stranded DNA. Incorporation of fluorogenic probe or DNA intercalating dyes (such as SYBR Green) into the PCR mixture allowed real-time reaction monitoring and extraction of quantitative information (qPCR). Probes with different excitation spectra enable multiplex qPCR of several DNA segments using multi-channel optical detection systems. Here we show multiplex qPCR using an economical EvaGreen-based system with single optical channel detection. Previously reported non quantitative multiplex realtime PCR techniques based on intercalating dyes were conducted once the PCR is completed by performing melting curve analysis (MCA). The technique presented in this paper is both qualitative and quantitative as it provides information about the presence of multiple DNA strands as well as the number of starting copies in the tested sample. Besides important internal control, multiplex qPCR also allows detecting concentrations of more than one DNA strand within the same sample. Detection of the avian influenza virus H7N9 by PCR is a well established method. Multiplex qPCR greatly enhances its specificity as it is capable of distinguishing both haemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes as well as their ratio.en
dc.description.abstractOd svého vynálezu v 1985 polymerázová řetězová reakce (PCR) se stal dobře zavedená metoda pro amplifikaci a detekci segmentů dvouřetězcové DNA. Začlenění barviva fluorogenní sondy nebo DNA interkalační (jako SYBR Green) do PCR směsi povoleno Monitorování v reálném čase a extrakce kvantitativních informací (qPCR) reakce. Sondy s různé excitační spektra umožňují multiplexní qPCR experimentu z několika segmentů DNA s využitím multi-kanálové optické systémy detekce. Zde vám ukážeme, multiplex qPCR experimentu pomocí ekonomické EvaGreen bázi Systém s jedním detekcí optickou kanálu. Dříve hlášeny non kvantitativní PCR techniky multiplex v reálném čase založené na interkalační barviva byly provedeny po PCR je dokončen provádění analýzy křivky tání (MCA). Technika uvedené v tomto dokumentu je jak kvalitativní a kvantitativní, neboť poskytuje informace o přítomnosti několika vláken DNA, jakož i počet spuštění kopií v testovaném vzorku. Kromě významnou vnitřní kontroly, multiplexní qPCR také umožňuje detekci koncentrace více než jednoho vlákna DNA ve stejném vzorku. Detekce viru ptačí chřipky H7N9 pomocí PCR je dobře zavedená metoda. Multiplex qPCR výrazně zvyšuje své specifičnosti jako je schopen rozlišit jak hemaglutinin (HA) a neuraminidázou (NA) genů, stejně jako jejich poměr.cs
dc.formattextcs
dc.format.extent1-7cs
dc.format.mimetypeapplication/pdfcs
dc.identifier.citationScientific Reports. 2015, vol. 5, issue 11479, p. 1-7.en
dc.identifier.doi10.1038/srep11479cs
dc.identifier.issn2045-2322cs
dc.identifier.other115139cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/61763
dc.language.isoencs
dc.publisherNature Publishing Groupcs
dc.relation.ispartofScientific Reportscs
dc.relation.urihttp://www.nature.com/articles/srep11479cs
dc.rightsCreative Commons Attribution 4.0 Internationalcs
dc.rights.accessopenAccesscs
dc.rights.sherpahttp://www.sherpa.ac.uk/romeo/issn/2045-2322/cs
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/cs
dc.subjectmultiplexingen
dc.subjectdynamic melting curve analysisen
dc.subjectPCRen
dc.subjectmultiplexing
dc.subjectdynamic melting curve analysis
dc.subjectPCR
dc.titleSingle Fluorescence Channel-based Multiplex Detection of Avian Influenza Virus by Quantitative PCR with Intercalating Dyeen
dc.title.alternativePCR multiplexovani pomoci jedineho fluorescenčního kanálu pro detekovani viru ptačí chřipky pomocí kvantitativní PCR s interkalačním bavivemcs
dc.type.driverarticleen
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.type.versionpublishedVersionen
sync.item.dbidVAV-115139en
sync.item.dbtypeVAVen
sync.item.insts2025.02.03 15:50:16en
sync.item.modts2025.01.17 16:49:17en
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Středoevropský technologický institut VUT. Chytré nanonástrojecs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
srep11479.pdf
Size:
869.3 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
srep11479.pdf