but.defence	Student obhájil diplomovou práci a na položené dotazy v rámci diskuze odpověděl.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Elektrotechnika, elektronika, komunikační a řídicí technika	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Mehnen, Lars	en
dc.contributor.author	Drozd, Tomáš	en
dc.contributor.referee	Turk, Andreas	en
dc.date.accessioned	2022-09-19T23:00:23Z
dc.date.available	2022-09-20	cs
dc.date.available	2022-09-19T23:00:23Z
dc.date.created	2019	cs
dc.description.abstract	Spike-in controls, jako je External RNA Controls Consortium (ERCC) nebo Spike-In RNA Variants (SIRV) od firmy Lexogen, se staly nezbytnými v odhadování technické variability. Protože SIRV E0 transcripty mají identickou koncentraci, jejich variabilita po sekvenaci lze použít k odvození technické variability z jednotlivých replikovaných vzorků. To je ekonomičtější než standardní přístup, který více replikovaných vzorků pro odhadování technické variability vyžaduje. Model DESeq, což je standardní nástroj pro analýzu rozdílné exprese genu, byl upraven na základě informací ze SIRV nebo ERCC pro odhad variability. Následně se odhadla pravděpodobnost změny na základě technické variability. Vysoká variabilita mezi SIRV transkripty byla zjištěna, což vedlo k jinému přístupu založenému na odhadu variability pro každý transkript samostatně. Tento inovativní přístup odhalil lepší výkon u datasetů, kde byla pro danou analýzu přítomna pouze technická variabilita pro určitý počet replikovaných vzorků pro danou fyziologickou skupinu (například nádorová a zdravá tkáň). Bylo pozorováno, že při zvýšení počtu vzorků vede k vyšší spolehlivosti pro odhad. Spike-ins, zejména SIRV, však zlepšil výkon analýzy než odhadu založeného na endogenních genech pro určitý počet replikovaných vzorků. Pro normalizaci technické variability je nutné provést další výzkum, aby bylo možné odhadnout významné změny v biologické variabilitě při sekvenaci RNA.	en
dc.description.abstract	Spike-in controls such as External RNA Controls Consortium (ERCC) or Lexogen‘s Spike-In RNA Variants (SIRVs) have become essential when it comes assessment of technical variability. Since the E0 SIRVs have identical concentration, variations in their estimated concentration can be used to infer the technical variability from single replicates. This is more economic than the standard approach, which estimates the technical variance from multiple replicates. The DESeq model, a standard tool for differential expression, was modified based on spike-ins information to estimate technical variability. Subsequently, the probability of a change in expression due to technical variability was obtained. A high variation between SIRV transcript read counts was discovered, giving rise to another approach based on estimation of variability for each trasncript separately. This innovative approach revealed better performance on datasets, where only technical variability was present for cross-condition analysis for a given number of replicates per condition. It was observed that increase in number of samples results in higher reliability for estimation. However, spike-ins, especially SIRVs, improved performance of analysis than estimation based on endogenous genes when a few replicates are available. Further reasearch is needed for normalizing technical varibility to estimate significant changes in biological variation.	cs
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	DROZD, T. Quality assurance of RNA-Seq workflows with spike-ins controls [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2019.	cs
dc.identifier.other	113692	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/208430
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
dc.rights	Přístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 3 roku/let	cs
dc.subject	Spike-in controls	en
dc.subject	ERCCs	en
dc.subject	SIRVs	en
dc.subject	technická variabilita	en
dc.subject	analýza změn v genové expresi	en
dc.subject	sekvenování RNA	en
dc.subject	Technical variability	cs
dc.subject	RNA-seq	cs
dc.subject	differential expression	cs
dc.subject	spike-ins	cs
dc.subject	ERCCs	cs
dc.subject	SIRVs	cs
dc.title	Quality assurance of RNA-Seq workflows with spike-ins controls	en
dc.title.alternative	Quality assurance of RNA-Seq workflows with spike-ins controls	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2019-09-20	cs
dcterms.modified	2019-09-30-09:21:27	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
sync.item.dbid	113692	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2022.09.20 01:00:23	en
sync.item.modts	2022.09.20 00:15:46	en
thesis.discipline	Biomedicínské a ekologické inženýrství	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Quality assurance of RNA-Seq workflows with spike-ins controls

Files

Original bundle

Collections