Lokální struktury v genomech retrovirů
| but.committee | prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda) doc. Ing. Filip Mravec, Ph.D. (místopředseda) prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen) doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen) doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | 1. Studentka seznámila členy komise s náplní a cílem bakalářské práce. 2. Byly přečteny posudky na bakalářskou práci. 3. Studentka akceptovala všechny připomínky oponentky a na všechny otázky odpověděla v plné šíři. Diskuse: prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. Jsou retroviry díky četnějšímu výskytu G-kvadruplexů stabilnější? doc. Ing. Filip Mravec, Ph.D. Mohla byste zjednodušeně vysvětlit co je G4Hunter skóre? Jsou podle Vás viry živé? doc. RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. Jaké další onemocnění způsobují retroviry? Studentka odpověděla na doplňující otázky členů komise, které byly v průběhu diskuse k dané problematice vzneseny. Studentka prokázala velmi dobré odborné znalosti i schopnost samostatné prezentace dosažených výsledků. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Chemie pro medicínské aplikace | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Brázda, Václav | cs |
| dc.contributor.author | Sádlová, Adéla | cs |
| dc.contributor.referee | Kollerová, Silvia | cs |
| dc.date.created | 2024 | cs |
| dc.description.abstract | Tato bakalářská práce se zaměřuje na studium lokálních struktur v genomech retrovirů. Retroviry jsou skupinou virů s RNA genomem, které mají schopnost integrovat svůj genom do hostitelské DNA. Lokální struktury v genomu retrovirů hrají důležitou roli v procesech replikace, regulace genové exprese a interakcí s hostitelskými proteiny. Cílem této práce bylo analyzovat lokální struktury u vybraných retrovirů pomocí bioinformatických metod, přičemž klíčovým nástrojem byl G4 hunter, což je nástroj pro identifikaci G-kvadruplexů v genomu. G kvadruplexy jsou struktury DNA nebo RNA, které se skládají z guaninových základů uspořádaných do čtveřic a jsou spojeny vrstvením guaninových tetrád. G kvadruplexy jsou často lokalizovány v telomerách a promočních oblastech genů, a mohou hrát důležitou roli v regulaci genové exprese, replikaci DNA a dalších buněčných procesech Analýza se zaměřila především na přítomnost potenciálních sekvencí tvořící G-kvadruplexy (PQS). Výsledky této práce poskytují důležité informace o distribuci a frekvenci PQS v genomech vybraných retrovirů a přispívají k lepšímu porozumění jejich role v biologii virů. Výsledky ukazují, že G-kvadruplexy jsou významné lokální struktury a často se nacházejí v regulačních oblastech genomu, což naznačuje jejich klíčovou roli v procesu virové infekce. | cs |
| dc.description.abstract | This bachelor thesis focuses on the study of local structures in the genomes of retroviruses. Retroviruses are a group of viruses with an RNA genome that have the ability to integrate their genome into the host DNA. Local structures in the retroviral genome play an important role in the processes of replication, gene expression regulation, and interactions with host proteins. The aim of this work was to analyze the local structures in selected retroviruses using bioinformatics methods, with G4 Hunter being the key tool for identifying G quadruplexes in the genome. G-quadruplexes are DNA or RNA structures composed of guanine bases arranged into quartets and are connected by stacking guanine tetrads. G quadruplexes are often located in telomeres, gene promoter regions, and can play an important role in regulating gene expression, DNA replication, and other cellular processes. The analysis focused primarily on the presence of potential G-quadruplex-forming sequences (PQS). The results of this work provide important information on the distribution and frequency of PQS in the genomes of selected retroviruses and contribute to a better understanding of their role in viral biology. The results show that G-quadruplexes are significant local structures and are often found in regulatory areas of the genome, indicating their key role in the viral infection process. | en |
| dc.description.mark | B | cs |
| dc.identifier.citation | SÁDLOVÁ, A. Lokální struktury v genomech retrovirů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2024. | cs |
| dc.identifier.other | 156573 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/246703 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | G-kvadruplex | cs |
| dc.subject | retroviry | cs |
| dc.subject | bioinformatická analýza | cs |
| dc.subject | G4hunter | cs |
| dc.subject | G-kvadruplex | en |
| dc.subject | retroviruses | en |
| dc.subject | bioinformatics analysis | en |
| dc.subject | G4hunter | en |
| dc.title | Lokální struktury v genomech retrovirů | cs |
| dc.title.alternative | Local structures in retrovirus genomes | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | bachelorThesis | en |
| dc.type.evskp | bakalářská práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2024-06-11 | cs |
| dcterms.modified | 2024-06-11-14:41:11 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta chemická | cs |
| sync.item.dbid | 156573 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2025.03.16 12:57:37 | en |
| sync.item.modts | 2025.01.15 21:09:50 | en |
| thesis.discipline | bez specializace | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. Ústav fyzikální a spotřební chemie | cs |
| thesis.level | Bakalářský | cs |
| thesis.name | Bc. | cs |