SÁDLOVÁ, A. Lokální struktury v genomech retrovirů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2024.

Posudek vedoucího

Brázda, Václav

Ve své bakalářské práci se Adéla Sádlová věnovala analýze přítomnosti G-kvadruplexů v genomech retrovirů. Míra podobnosti s jinými pracemi byla zjištěna 28%, textovou část práce lze tedy považovat za dostatečně originální, většina překryvů byla v předdefinovaných částech bakalářské práce a v citacích. V úvodní části své práce se věnovala studentka popisu retrovirů, jejich životního cyklu a jejich rozdělení, také strukturami DNA. V experimentální části provedla analýzy G-kvadruplexů u 5778 genomů pomocí programu G4Hunter. Výsledky přehledně zpracovala ve své bakalářské práci. Cíle práce se podařilo splnit, nicméně data bylo možné využít i pro další srovnání a statistická vyhodnocení, které by zvýšily výpovědní hodnotu jinak zajímavých dat. Studentka mohla být při řešení své bakalářské práce aktivnější, nicméně prokázala dostatečnou orientaci ve studované problematice a své výsledky úspěšně prezentuje ve své bakalářské práci. Celkově hodnotím práci a přístup studentky jako dobrý a hodnotím ji známkou C.

Posudek oponenta

Kollerová, Silvia

Predložená bakalárska práca študentky Adély Sádlové sa zaoberá témou bioinformatickej analýzy lokálnych štruktúr v genómoch retrovírusov. Bakalárska práca má 44 strán, vrátane zoznamu použitej literatúry, a je delená na teoretickú a experimentálnu časť. V teoretickej časti práce autorka pojednáva o danej problematike s využitím odbornej literatúry. Teoretická časť je logicky a prehľadne koncipovaná, výborná kvalita a úroveň jazykového spracovania vypovedajú o prehľade študentky v danej oblasti, a rozsah rešerše je primeraný. Autorka v práci využila literárne zdroje prevažne od zahraničních autorov. V teoretickej časti je čitatelovi poskytnutý dobre spracovaný náhľad do problematiky danej témy. Literárna rešerš je pekne spracovaná, primerane obsiahla a ucelená. V experimentálnej časti práce sa študentka zaoberá bioinformatickou analýzou 5778 genómov vybraných retrovírusov infikujúcich stavovce a človeka. Genómové sekvencie boli získané z prístupných databáz a boli analyzované na frekvenciu výskytu PQS (putative quadruplex sequence), počtu G-kvadruplexov, a ich lokalizáciu použitím programu G4 Hunter. V experimentálnej časti bol taktiež vybraný jeden z najviac preštudovaných retrovírusov, HIV-1, ktorého genóm bol anotovaný. Frekvencia výskytu PQS bola porovnaná medzi dátami získanými bioinformatickou analýzou pre retrovírusy a dátami získanými pre Homo sapiens. Bioinformatická analýza splnila ciele stanovené v tejto bakalárskej práci. Keďže sa jedná o výlučne bioinformatickú bakalársku prácu, laboratórne experimenty neboli jej súčasťou. Z výsledkovej časti vyplýva, že študentka musela preukázať istú mieru samostnatnosti a schopnosť analyzovať a následne interpretovať získané bioinformatické výsledky. Výsledky sú pekne a prehľadne spracované do grafov a tabuliek a príslušne okomentované. V závere je taktiež spomenuté potenciálne využitie získaných výsledkov. Všetky body zadania boli splnené. K práci mám len niekoľko prevažne vecných a formálnych komentárov a doporučení: Komentáre: - Na strane č.11 je pri popise procesu reverznej transkripcie pár nepresností, ako je napríklad „Poté přichází reverzní transkriptáza, která syntetizuje 3' konec virové DNA, RN-áza rozloží virovou RNA, to umožní párování reverzních sekvencí nově vzniklé DNA s 3' koncem RNA viru.” Pri popise procesu reverznej transkripcie by bolo prehľadnejšie text rozdeliť na základe jednotlivých krokov, iniciácia, syntéza DNA, presun DNA atď. Vzhľadom k uvedeným skutočnostiam odporúčam prácu na obhajobu a hodnotím stupňom výborný (A).

eVSKP id 156573