Softwarové řešení systému FLIM s využitím pulsního laditelného laseru v konfokální mikroskopii
Loading...
Date
Authors
Grund, Pavel
ORCID
Advisor
Referee
Mark
F
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Teoretická část této diplomové práce je zaměřena na rešerši konfokální mikroskopie a na metodu FLIM. Rozvádí principy a druhy konfokální mikroskopie a využití širokospektrálního laseru, jakožto základního zdroje světla u těchto mikroskopů. Přiblíží, co je to metoda FLIM a její využití nejen v buněčné biologii. Praktická část diplomové práce zahrnuje pořízení tří sad fluorescenčních intenzitních snímků s využitím aplikace pulsního laditelného laseru, funkce TimeGate a detekce hybridními detektory. Pro praktické zpracování této diplomové práce je v softwarovém prostředí Fiji vytvořen plugin, což je zdrojový kód v programovacím jazyku Java. Typy pluginů a jejich použití jsou popsány ve třetí kapitole práce. Tento plugin včetně grafického uživatelského prostředí ve formě dialogového okna zpracovává fluorescenční intenzitní snímky a vytváří z nich grafickou reprezentaci dat znázorňující dobu života fluorescence, tzv. pseudobarevnou mapu.
The theoretical part of this master's thesis is focused on research of confocal microscopy and FLIM method. There are a principles and types of confocal microscopy and the use of broad-spectrum laser as a basic light source of these microscopes. It gives what the FLIM method and its use not only in cell biology. The practical part thesis includes the acquisition of three sets of fluorescence intensity images with use of applications tunable pulsed laser, function TimeGate and detection of hybrid detectors. For practical elaboration of this thesis is in the software Fiji created a plugin, which is the source code in the Java programming language. The types of plugins and their uses are described in the third chapter of the thesis. This plugin including the graphical user interface in the form of the dialog box, proceses the fluorescence intensity images and creates a graphical representation of data showing the fluorescence lifetime, so called pseudocolor map.
The theoretical part of this master's thesis is focused on research of confocal microscopy and FLIM method. There are a principles and types of confocal microscopy and the use of broad-spectrum laser as a basic light source of these microscopes. It gives what the FLIM method and its use not only in cell biology. The practical part thesis includes the acquisition of three sets of fluorescence intensity images with use of applications tunable pulsed laser, function TimeGate and detection of hybrid detectors. For practical elaboration of this thesis is in the software Fiji created a plugin, which is the source code in the Java programming language. The types of plugins and their uses are described in the third chapter of the thesis. This plugin including the graphical user interface in the form of the dialog box, proceses the fluorescence intensity images and creates a graphical representation of data showing the fluorescence lifetime, so called pseudocolor map.
Description
Citation
GRUND, P. Softwarové řešení systému FLIM s využitím pulsního laditelného laseru v konfokální mikroskopii [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské a ekologické inženýrství
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda)
doc. RNDr. Ing. Jiří Šimurda, CSc. (místopředseda)
Ing. Miroslav Dvořák, CSc. (člen)
MUDr. Eva Závodná, Ph.D. (člen)
Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen)
Date of acceptance
2015-06-11
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Prof. Jan položil otázku: Měření jste prováděl sám nebo jsou data převzatá? Dr. Vondra položil otázku: Proč rostou hodnoty intenzit na konci měření? Co znamená zmíněný pojem bílý laser? Prof. Jan položil otázku: Co bylo jádrem řešení práce? Jaká je funkce realizovaného programu? doc. Šimurda položil otázku: Co se dá vyvodit z uvedného zobrazení myocytu? MUDr. Závodná položila otázku: Na co se váže fluorescenční barvivo?
Student neobhájil diplomovou práci.
Odůvodnění: V kvalitě i rozsahu práce se projevila malá aktivita v průběhu řešení a malá spolupráce s vedoucím práce. V práci v podstatě chybí 3. bod zadání, tj. měření dat. Nebylo ani popsáno měřící prostředí. Komise shledala odbornou úroveň práce nedostatečnou.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení