Evoluční strategie v úloze anotace funkce nukleotidového polymorfismu
Loading...
Date
Authors
Šalanda, Ondřej
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce prezentuje nový přístup k predikci vlivu nukleotidového polymorfismu na funkci proteinu. Cílem je vytvořit nový metanástroj, který pomocí váhového konsensu kombinuje vlastnosti osmi již existujících nástrojů za účelem zvýšení přesnosti a univerzálnosti predikce. K nalezení vhodného rozložení vah je přistoupeno inovativně, používá se evoluční strategie. Parametry pro její spuštění jsou zjištěny experimentálně. Na závěr je uvedeno zhodnocení úspěšnosti nového nástroje a porovnání výsledků na testovacích sadách.
This thesis brings a new approach to the prediction of the the effect of amino acid substitution. The main goal is to create a new meta-tool, which combines evaluations of eight already implemented prediction tools. The use of weighted consensus over those tools should lead to better accuracy and versatility of prediction. The novelty of developed tool lies in involving evolution strategy with experimentally defined parameters as a way to determine the best weight distribution. At the end, a complex comparison and evaluation of results is given.
This thesis brings a new approach to the prediction of the the effect of amino acid substitution. The main goal is to create a new meta-tool, which combines evaluations of eight already implemented prediction tools. The use of weighted consensus over those tools should lead to better accuracy and versatility of prediction. The novelty of developed tool lies in involving evolution strategy with experimentally defined parameters as a way to determine the best weight distribution. At the end, a complex comparison and evaluation of results is given.
Description
Citation
ŠALANDA, O. Evoluční strategie v úloze anotace funkce nukleotidového polymorfismu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Vladimír Drábek, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Radek Burget, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
Ing. Petr Schwarz, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2013-06-13
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A . Otázky u obhajoby: Uvažujete o zveřejnění vytvořeného nástroje odborné veřejnosti? Na kolik je Váš systém modulární ve smyslu přidání/odebrání nového nástroje pro predikci aminokyselinových mutací a opětovného natrénování vah konsensuální funkce?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení