but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Vítězslav Beran, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Vo vašom návrhu uvádzate, že prítomnosť esenciálnych rezíduií sa overuje najprv na základe párového zarovnania sekvencií a následne pomocou viacnásobného zarovnania sekvencií. Prečo je podľa Vás potrebné overenie pomocou párového aj viacnásobného zarovnania sekvencií? Prečo ste sa rozhodol v prípade filtrácie na základe viacnásobného zarovnania práve pre dve iterácie? Slabšou stránkou Vášho realizačného výstupu je dĺžka trvania výpočtu. Ktoré časti výpočtu považujete za časovo najnáročnejšie? Akým spôsobom by ste mohli v týchto častiach výpočet urýchliť? Dokázal byste říct, jestli třetí iterací kvalitu zvýšíte? Používáte metacentrum, používáte ho k paralelnímu běhu? Jaké je měřítko zobrazení sítě podobnosti? Je vaším přínosem spojení nástrojů a získání nových znalostí nebo nějaká nová metoda?	cs
but.jazyk	slovenština (Slovak)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Hon, Jiří	sk
dc.contributor.author	Borko, Simeon	sk
dc.contributor.referee	Smatana, Stanislav	sk
dc.date.created	2020	cs
dc.description.abstract	Milióny nových proteínov, ktoré sa objavujú každý rok, nie je možné charakterizovať klasickými biochemickými metódami pre ich časovú náročnosť a cenu. Medzi nepreskúmanými proteínami sa môžu nachádzať enzýmy uplatniteľné v priemysle i v univerzitnom prostredí, najmä na ekologickú výrobu chemických zlúčenín. Výsledkom práce je webová aplikácia, ktorá na základe vstupných proteínov vyhľadá v databáze podobné proteíny, ktoré prefiltruje pomocou esenciálnych rezíduí vstupných proteínov a označí ich ako domnelé biokatalyzátory. K získaným proteínom sa pridajú anotácie, aby sa mohol používateľ informovane rozhodnúť, ktoré proteíny podrobí experimentálnemu overeniu v laboratóriu. Vytvorený nástroj uľahčuje viackrokovú analýzu a poskytuje návrhy proteínov na experimentálne overenie ich enzymatickej funkcie. Webové rozhranie je voľne dostupné na https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/. Nástroj bol publikovaný v medzinárodnom časopise Nucleic Acids Research.	sk
dc.description.abstract	Millions of new proteins discovered each year cannot be characterized by classical biochemical methods due to their demands of time and cost. Among the unexplored proteins, there may be enzymes useful in both industry and academy, mostly for ecological production of chemical compounds. The result of the thesis is a web application which, based on the input proteins, searches the database for similar proteins. The proteins are filtered using essential residues of the input proteins and marked as putative biocatalysts. Finally, the proteins are annotated so that the user can make an informed decision about which proteins to select for experimental laboratory verification. The developed tool facilitates multi-step analysis and recommends proteins for experimental verification of their enzymatic function. The web interface is freely available at https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/. The tool was published in the international journal Nucleic Acids Research.	en
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	BORKO, S. Vyhledávání příbuzných enzymů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.	cs
dc.identifier.other	129217	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/191567
dc.language.iso	sk	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	dolovanie enzýmov	sk
dc.subject	nové biokatalyzátory	sk
dc.subject	vyhľadávanie príbuzných proteínov	sk
dc.subject	predikcia funkcie proteínu	sk
dc.subject	overenie katalytickej funkcie	sk
dc.subject	katalytické rezíduá	sk
dc.subject	esenciálne rezíduá	sk
dc.subject	bioinformatika	sk
dc.subject	haloalkán dehalogenázy	sk
dc.subject	enzyme mining	en
dc.subject	novel biocatalysts	en
dc.subject	related protein identification	en
dc.subject	protein function prediction	en
dc.subject	catalytic function verification	en
dc.subject	catalytic residues	en
dc.subject	essential residues	en
dc.subject	bioinformatics	en
dc.subject	haloalkane dehalogenase	en
dc.title	Vyhledávání příbuzných enzymů	sk
dc.title.alternative	Search of Related Enzymes	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	bachelorThesis	en
dc.type.evskp	bakalářská práce	cs
dcterms.dateAccepted	2020-07-13	cs
dcterms.modified	2020-07-13-23:43:55	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	129217	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2025.03.18 19:31:08	en
sync.item.modts	2025.01.17 10:18:21	en
thesis.discipline	Informační technologie	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Bakalářský	cs
thesis.name	Bc.	cs

Vyhledávání příbuzných enzymů

Files

Original bundle

Collections