Vyhledávání příbuzných enzymů
Loading...
Date
Authors
Borko, Simeon
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Milióny nových proteínov, ktoré sa objavujú každý rok, nie je možné charakterizovať klasickými biochemickými metódami pre ich časovú náročnosť a cenu. Medzi nepreskúmanými proteínami sa môžu nachádzať enzýmy uplatniteľné v priemysle i v univerzitnom prostredí, najmä na ekologickú výrobu chemických zlúčenín. Výsledkom práce je webová aplikácia, ktorá na základe vstupných proteínov vyhľadá v databáze podobné proteíny, ktoré prefiltruje pomocou esenciálnych rezíduí vstupných proteínov a označí ich ako domnelé biokatalyzátory. K získaným proteínom sa pridajú anotácie, aby sa mohol používateľ informovane rozhodnúť, ktoré proteíny podrobí experimentálnemu overeniu v laboratóriu. Vytvorený nástroj uľahčuje viackrokovú analýzu a poskytuje návrhy proteínov na experimentálne overenie ich enzymatickej funkcie. Webové rozhranie je voľne dostupné na https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/. Nástroj bol publikovaný v medzinárodnom časopise Nucleic Acids Research.
Millions of new proteins discovered each year cannot be characterized by classical biochemical methods due to their demands of time and cost. Among the unexplored proteins, there may be enzymes useful in both industry and academy, mostly for ecological production of chemical compounds. The result of the thesis is a web application which, based on the input proteins, searches the database for similar proteins. The proteins are filtered using essential residues of the input proteins and marked as putative biocatalysts. Finally, the proteins are annotated so that the user can make an informed decision about which proteins to select for experimental laboratory verification. The developed tool facilitates multi-step analysis and recommends proteins for experimental verification of their enzymatic function. The web interface is freely available at https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/. The tool was published in the international journal Nucleic Acids Research.
Millions of new proteins discovered each year cannot be characterized by classical biochemical methods due to their demands of time and cost. Among the unexplored proteins, there may be enzymes useful in both industry and academy, mostly for ecological production of chemical compounds. The result of the thesis is a web application which, based on the input proteins, searches the database for similar proteins. The proteins are filtered using essential residues of the input proteins and marked as putative biocatalysts. Finally, the proteins are annotated so that the user can make an informed decision about which proteins to select for experimental laboratory verification. The developed tool facilitates multi-step analysis and recommends proteins for experimental verification of their enzymatic function. The web interface is freely available at https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/. The tool was published in the international journal Nucleic Acids Research.
Description
Keywords
dolovanie enzýmov, nové biokatalyzátory, vyhľadávanie príbuzných proteínov, predikcia funkcie proteínu, overenie katalytickej funkcie, katalytické rezíduá, esenciálne rezíduá, bioinformatika, haloalkán dehalogenázy, enzyme mining, novel biocatalysts, related protein identification, protein function prediction, catalytic function verification, catalytic residues, essential residues, bioinformatics, haloalkane dehalogenase
Citation
BORKO, S. Vyhledávání příbuzných enzymů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2020.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Vítězslav Beran, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2020-07-13
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Vo vašom návrhu uvádzate, že prítomnosť esenciálnych rezíduií sa overuje najprv na základe párového zarovnania sekvencií a následne pomocou viacnásobného zarovnania sekvencií. Prečo je podľa Vás potrebné overenie pomocou párového aj viacnásobného zarovnania sekvencií? Prečo ste sa rozhodol v prípade filtrácie na základe viacnásobného zarovnania práve pre dve iterácie? Slabšou stránkou Vášho realizačného výstupu je dĺžka trvania výpočtu. Ktoré časti výpočtu považujete za časovo najnáročnejšie? Akým spôsobom by ste mohli v týchto častiach výpočet urýchliť? Dokázal byste říct, jestli třetí iterací kvalitu zvýšíte? Používáte metacentrum, používáte ho k paralelnímu běhu? Jaké je měřítko zobrazení sítě podobnosti? Je vaším přínosem spojení nástrojů a získání nových znalostí nebo nějaká nová metoda?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení