Testování primerů pro real-time PCR-HRM analýzu autenticity jednodruhových ovocných výrobků
Loading...
Date
Authors
Boháčová, Barbora
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Stanovení autenticity ovocných výrobků, u kterých často dochází k falšování náhradou části dražšího ovocného druhu levnějším, avšak druhově podobným ovocem, je aktuálním tématem potravinářského průmyslu. Ukázkovým příkladem je ředění výrobků z meruněk broskvovým pyré. Tato práce se zabývá testováním specifických primerů AGS18 a PdCass pro odhalení skutečného podílu meruňkové složky v modelových výrobcích ve směsi právě s broskvovým pyré pomocí PCR analýzy následované HRM analýzou. Testování těchto primerů pro stanovení autenticity odhalilo malou využitelnost primerů AGS18 z důvodu tvorby malého nebo žádného množství specifických produktů při reakcích s ovocnou DNA. Primery PdCass vyžadovaly optimalizaci podmínek PCR, avšak poté s nimi bylo možné amplifikovat specifické sekvence DNA z ovocných listů v dostatečném množství. PCR analýza DNA z modelových výrobků s primery PdCass poskytla specifické produkty v případě vzorků s obsahem meruňky 70 % a méně. HRM analýzou vzorků ani výpočtem GCP nebylo možné odlišit pyré s 0%, 10% a 30% obsahem meruňky. Pyré s 50% a 70% podílem meruňky poskytly křivky tání výrazně odlišné od ostatních vzorků.
Determining the authenticity of fruit products, which are often counterfeited by substituting part of a more expensive fruit with a cheaper but botanically similar fruit, is a current topic in the food industry. A prime example is the dilution of apricot products with peach puree. This study focuses on testing specific primers AGS18 and PdCass to reveal the true proportion of apricot content in model products mixed with peach puree using PCR analysis followed by HRM analysis. Testing of these primers for authenticity determination revealed limited utility of AGS18 primers due to the formation of small amount or no specific products during reactions with fruit DNA. PdCass primers required PCR condition optimization, but subsequently, specific DNA sequences from fruit leaves could be amplified in sufficient quantities. PCR analysis of DNA from model products with PdCass primers provided specific products in samples with apricot content of 70% or less. HRM analysis of samples and calculation of GCP did not distinguish purees with 0%, 10%, and 30% apricot content. However, purees with 50% and 70% apricot content exhibited significantly different melting curves compared to other samples.
Determining the authenticity of fruit products, which are often counterfeited by substituting part of a more expensive fruit with a cheaper but botanically similar fruit, is a current topic in the food industry. A prime example is the dilution of apricot products with peach puree. This study focuses on testing specific primers AGS18 and PdCass to reveal the true proportion of apricot content in model products mixed with peach puree using PCR analysis followed by HRM analysis. Testing of these primers for authenticity determination revealed limited utility of AGS18 primers due to the formation of small amount or no specific products during reactions with fruit DNA. PdCass primers required PCR condition optimization, but subsequently, specific DNA sequences from fruit leaves could be amplified in sufficient quantities. PCR analysis of DNA from model products with PdCass primers provided specific products in samples with apricot content of 70% or less. HRM analysis of samples and calculation of GCP did not distinguish purees with 0%, 10%, and 30% apricot content. However, purees with 50% and 70% apricot content exhibited significantly different melting curves compared to other samples.
Description
Citation
BOHÁČOVÁ, B. Testování primerů pro real-time PCR-HRM analýzu autenticity jednodruhových ovocných výrobků [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biochemická technologie
Comittee
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda)
prof. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-12
Defence
1. Studentka seznámila členy komise s náplní a cílem bakalářské práce.
2. Byly přečteny posudky na bakalářskou práci.
3. Studentka akceptovala všechny připomínky oponentky a na všechny otázky odpověděla v plné šíři.
Diskuse:
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc.
Z jakého důvodu jste používala kontrolní DNA právě z listů? Jaké to má využití? Nachází se v listech fenolické látky? Myslíte, že DNA v listech a plodech je stejná?
Je možné rozlišit odrůdy meruněk na základě DNA? Je na toto téma nějaká literatura?
prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.
Kde jste získali použité primery? Co znamenají zkratky primeru? Použité primery jste navrhovali nebo jsou převzaty z literatury? Jak byste postupovala při návrhu primeru? Jak docházelo k ověřování specifity primerů? Je možné použít primery pouze pro broskve nebo se musí použít všeobecné primery pro všechny peckoviny?
Bylo by možné analyzovat mRNA pomocí PCR? Jaký by byl postup?
Jaká je koncentrace DNA v plodech a jaká v listech? Liší se od sebe?
Studentka odpověděla na všechny doplňující otázky členů komise, které byly v průběhu diskuse k dané problematice vzneseny. V diskusi studentka prokázala výbornou orientaci v dané problematice. Po diskusi následovalo hodnocení závěrečné práce. Studentka prokázala nejen výborné odborné znalosti, ale i schopnost samostatné prezentace dosažených výsledků.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení