Automatická segmentace cévních systémů myších jater v tomografických datech

Abstract

Metodika zobrazení měkkých tkání se v biologii a medicíně diskutuje již řadu let. Celou dobu se vyvíjí metody, jak dosáhnout věrohodného a přesného zobrazení požadované tkáně či struktury. Rentgenová výpočetní tomografie výrazně pomáhá k dosažení tohoto cíle, ale je nutné neustále inovovat a vylepšovat techniky barvení tkání pro kontrastní zobrazení pod rentgenovým zářením, a také metody zpracování takto pořízených dat. Tato práce se zabývá problematikou zobrazení měkké tkáně myších jater s využitím mikro CT, uvádí postup kontrastování tkáně s využitím syntetické pryskyřice Mikrofilu, a také zpracování pořízených dat metodou prahování a nárůstu regionů s cílem zobrazení měřeného vzorku ve 3D.The methodology of visualization of soft tissue is in biology and medicine a topic for many years. During this period there were approving many techniques how to achieve accurate and authentic image of the researched object or structure. X-ray computed tomography is very helpful to get this goal but is necessary to improve contrasting techniques as well as the techniques of image post-processing. This thesis deals with imaging soft tissue. Specifically, it focuses on mouse liver contrasting with the artificial resin Microfil. Thesis also describes image processing technique (thresholding and region growing) for the data of the measurement with the goal of the visualization of the sample in 3D.